如何从 R 包中的动态库评估 C 函数？

Question

我正在尝试在 R 包中实现并行计算，该包使用 .C 函数从 R 调用 C。集群的节点似乎无法访问动态库。我做了一个并行套接字集群，像这样：

cl <- makeCluster(2)

我想使用 R 包并行中的 clusterEvalQ 在集群中的每个节点上评估我的 R 包中名为 valgrad 的 C 函数。但是，我的代码正在产生错误。我编译了我的包，但是当我运行时

out <- clusterEvalQ(cl, cresults <- .C(C_valgrad, …))

其中… 表示C 函数valgrad 中的参数。我收到此错误：

Error in checkForRemoteErrors(lapply(cl, recvResult)) : 
  2 nodes produced errors; first error: object 'C_valgrad' not found

我怀疑clusterEvalQ 访问动态库的能力存在问题。我试图通过使用

将 glmm 包加载到集群中来解决这个问题

clusterEvalQ(cl, library(glmm))

但这并没有解决问题。

我可以使用 foreach R 包中的 foreach 函数在每个集群上评估 valgrad，如下所示：

out <- foreach(1:no_cores) %dopar% {.C(C_valgrad, …)}

no_cores 是集群中的节点数。但是，此函数不允许在集群上的任何后续计算中访问valgrad 的任何评估结果。

我该怎么做

(1) 使valgrad 的评估结果可用于集群上的后续计算或

(2) 使用clusterEvalQ 评估valgrad？

Answer 1

您必须加载外部库。但这不是通过library 调用完成的，而是通过dyn.load 完成的。
如果您使用多个操作系统，以下两个函数很有用，它们使用内置变量.Platform$dynlib.ext。
还要注意卸载功能。如果您开发 C 函数库，您将需要它。如果您在测试之前更改了 C 函数，则必须卸载动态库，然后（新版本）重新加载。

请参阅编写 R 扩展，将文件 R-exts.pdf 放在 doc 文件夹的第 5 节或CRAN 上。

dynLoad <- function(dynlib){
    dynlib <- paste(dynlib, .Platform$dynlib.ext, sep = "")
    dyn.load(dynlib)
}

dynUnload <- function(dynlib){
    dynlib <- paste(dynlib, .Platform$dynlib.ext, sep = "")
    dyn.unload(dynlib)
}