使用多核打印日志

Question

使用 foreach 和 doMC，有没有办法让cat 和/或message 在并行运行时打印到屏幕上？例如：

> library(foreach)
> 
> tmp <- foreach(i=1:3) %do% 
+   cat("sqrt(i) =", sqrt(i), "\n")
sqrt(i) = 1 
sqrt(i) = 1.414214 
sqrt(i) = 1.732051 

> 
> tmp <- foreach(i=1:3) %do% 
+   message("i^2 =", i^2, "\n")
i^2 =1

i^2 =4

i^2 =9

>       
> library(doMC)
> registerDoMC(2)
> 
> tmp <- foreach(i=1:3) %dopar% 
+   cat("sqrt(i) =", sqrt(i), "\n")
> 
> tmp <- foreach(i=1:3) %dopar% 
+   message("i^2 =", i^2, "\n")
>   
> sessionInfo()
R Under development (unstable) (2014-01-29 r64898)
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets 
[7] methods   base     

other attached packages:
[1] doMC_1.3.2      iterators_1.0.6 foreach_1.4.1  

loaded via a namespace (and not attached):
[1] codetools_0.2-8 compiler_3.1.0  tools_3.1.0    

谢谢，

最大

Answer 1

默认情况下，在使用带有 doMC 后端的 foreach 时，不会重定向来自工作人员的标准输出，因此应该显示输出，除非您使用的是 GUI，例如 Mac OS X 上的 R.app 或 Windows 上的 Rgui。我刚刚在我的 Mac 上进行了快速测试，似乎 RStudio 也丢弃了由 doMC/mclapply 创建的工作人员的标准输出。

从终端执行 R 时，我在 Mac OS X 10.7.5 上看到使用 R 3.0.2 和“R 开发中（不稳定）（2014-02-13 r64986）”的工作输出。由于您使用的是稍旧的开发版本，因此可能存在随后已修复的问题。

您可以尝试使用特定于 doMC 的“静默”选项显式打开输出：

> opts <- list(silent=FALSE)
> tmp <- foreach(i=1:3, .options.multicore=opts) %dopar% message('i^2 = ', i^2)
i^2 = 1
i^2 = 4
i^2 = 9

这会导致使用mc.silent=FALSE 调用 mclapply。如果这没有帮助，我建议尝试适合我的最新开发版本。