【问题标题】:R 2.15 install in Redhat [closed]在 Redhat 中安装 R 2.15 [关闭]
【发布时间】:2012-10-30 20:09:26
【问题描述】:

我正在尝试在没有管理员权限的服务器上安装 R 的本地副本。我对服务器或 linux几乎一无所知。我可以通过键入“R”轻松访问 R 的副本,但是我正在使用的服务器只有 R 的旧副本(v2.10.1)。我至少需要 v2.14 来运行我的脚本,尽管我更愿意安装最新版本。

据我了解,我的服务器运行 Redhat e15 x86_64 GNU/Linux。我将服务器映射到我的 Windows 计算机,并尝试在服务器上定期安装 Windows R,但是当我尝试运行 R.exe 文件时,我收到一条错误消息,指出“无法执行二进制文件”。

我在 CRAN 网站上找到了我认为应该下载的内容:

linux下安装... redhat/e15/x86_64

但该文件夹仅包含 v2.10。我找到了这个关于在 Redhat 上安装 R 的帖子,但我仍然不知道如何(如果可能的话)安装/构建我自己的 R 副本。

【问题讨论】:

  • R 没有10.14 版本。您可以编译自己的版本,但这需要大量开发库和编译器,而生产服务器往往缺少这些。
  • 似乎编译这些 rpm 的人已经停止提供此服务,可能是因为 R 现在可以作为 RHEL 或 EPEL(企业 Linux 的额外软件包)中的软件包提供。这对您没有帮助 - 即使 CRAN 的 rpm 是最新的,也无济于事 - 因为您需要成为或成为 root 才能通过 yum 安装 rpm 或软件包。
  • 您需要提供更多有关您所操作的环境的信息,以便我们为您提供帮助。您为什么不与该服务器上的 root 的人交谈并解释为什么您需要新版本的 R?
  • 我的主管告诉我只需下载我自己的副本,因为维护服务器的人确实已备份,并且在不久的将来将无法进行。我可以在自己的文件夹下读/写任何我想要的东西,我只是不知道从哪里开始。如果我知道要提供什么其他信息,我会的。感谢您的回复。
  • 好吧,忘记Linux服务器,唯一的选择涉及运行这样的系统和/或从源代码编译的某种程度。您是否有自己的计算机要安装在 Windows 或 MacOS 台式机/笔记本电脑上?那会容易得多。为什么需要 Linux 服务器?

标签: linux r installation redhat


【解决方案1】:

通常,从源代码构建 R 并将其安装到您的主目录中非常容易(我在工作中也这样做)。该过程大致归结为以下过程:

  • 创建要安装 R 的目录,例如~/progsandlibs/。您还可以将此目录用于您安装的所有其他自定义软件。
  • 下载R from CRAN
  • 提取您使用tar 下载的tar.gz 文件
  • 进入R-2.15.2目录。
  • 发出以下命令:
    • ./configure --prefix=~/progsandlibs/ --enable-R-shlib
    • make
    • make install
  • ~/progsandlibs/bin/ 添加到您的PATH 环境变量中。最简单的方法是在您的.bashrc 中添加一行:export PATH=~/progsandlibs/bin/:$PATH

如果上述所有步骤都正常运行,则您已安装 R,您可以从终端启动它。

【讨论】:

  • 我同意这很容易(一旦你掌握了它)但安装所需的依赖项在没有 root 的情况下并非易事。但是,鉴于有一个旧版本,这应该不是不可能的,只是耗时且容易出错。
  • @richiemorrisroe 我不必在我的工作计算机上安装任何额外的软件包,但这对于我们的 OP 来说可能并非如此。如果包的数量有限,可以尝试从源代码安装缺少的包。但是,正如您所说,这可能会变得非常棘手......
  • 当我尝试 ./configure 时,我得到:configure: error: No F77 compiler found :(
  • 简短的回答是您需要安装 Fortran 编译器。为了获得更好的答案,您应该创建自己的问题,其中包含更多细节。
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