如何通过awk命令将以>开头的行替换为同一行的第15列？答案

【问题标题】：How to replace lines that start with > with the 15 column of the same line by awk command?如何通过awk命令将以>开头的行替换为同一行的第15列？
【发布时间】：2012-02-15 15:08:36
【问题描述】：

我有如下文件：

 >gi|358482566|ref|NW_003766328.1| Gallus gallus breed Red Jungle fowl, inbred line UCD001 unplaced genomic scaffold, Gallus_gallus-4.0 ChrUn_7180000961607, whole genome shotgun sequence
 TCTGTCTCTTGTCACTGTATTGTAGTGTGAACCCCTTAAAGGGAAGACCTGCTCTCCTTTGAAAATGCTT
 GCTCATCTATATGCCTCATGCATACCCTCACTGGCAAAGGAGAGCTGAAGTAATTTTAGGACAGAGGAGT
 ACTAGATTGTA
 >gi|358482565|ref|NW_003766329.1| Gallus gallus breed Red Jungle fowl, inbred line UCD001 unplaced genomic scaffold, Gallus_gallus-4.0 ChrUn_7180000961609, whole genome shotgun sequence
 TTTGACCAATGCATTTCAGCATGTTTTTTGACACTAGGTATGCCATTTGGGATGACAATATCAGTTTCCA
 TTTCCATTAGAGGAAAATAAGGTT

我想用第 15 列替换所有以 > 开头的行。我不知道如何用一列替换该行，所以我试图将该行的所有列替换为第 15 列。

所以我期望的输出是：

     >ChrUn_7180000961607
     TCTGTCTCTTGTCACTGTATTGTAGTGTGAACCCCTTAAAGGGAAGACCTGCTCTCCTTTGAAAATGCTT
     GCTCATCTATATGCCTCATGCATACCCTCACTGGCAAAGGAGAGCTGAAGTAATTTTAGGACAGAGGAGT
     ACTAGATTGTA
     >ChrUn_7180000961609
     TTTGACCAATGCATTTCAGCATGTTTTTTGACACTAGGTATGCCATTTGGGATGACAATATCAGTTTCCA
     TTTCCATTAGAGGAAAATAAGGTT

这些是我的命令：

 awk '{if ($1 ~ />/) for (i=1; i<=19; i++) gsub ($i, $15)}'
 test.fa

当我使用它时，我在文件中得到了一些更改，但不是我想要的！删除第 15 列！！！

 awk '{if ($1 ~ />/) for (i=1; i<=19; i++) a= $15 gsub($i, a)}'
 gga_ref_Gallus_gallus-4.0_unplaced.fa

当我使用这个时，我得到了这个错误！

awk: (FILENAME=gga_ref_Gallus_gallus-4.0_unplaced.fa FNR=1) fatal: sub_common: buf: can't allocate 521711124992 bytes of memory (Cannot allocate memory)

所以我想要的是两个替换*所有以* >开头的行与第15列，我还想有@ 987654328@开头！

【问题讨论】：

你关心第 15 个字段的逗号吗？您不会在示例输出中显示它们，即使它们是该字段的一部分。
这不是管道分隔的数据吗？如果您在谈论字段，则需要不同的字段分隔符。另外，使用 perl 会不会容易很多？
@tchrist 如果您查看数据，它似乎是空格分隔的字段；一开始我也很困惑。看到它在 awk 中是微不足道的，我无法想象它在 perl 中会容易得多。
@MichaelJ.Barber for 循环让我觉得在 perl 中比在 awk 中更容易，因为 perl 在不需要的地方有更高级的正则表达式，但我看到了毕竟实际上并不需要。

标签： linux awk gsub

【解决方案1】：

我认为这会做你想要的：

awk '$0 ~ /^>/ { print ">" $15; next } 1'

它使所有不以> 开头的行保持不变。对于以> 开头的行，这是通过使用next 告诉awk 跳到下一条记录来完成的。 1 之所以存在是因为它始终为真，因此对于不以 > 开头的任何行都会调用打印该行的默认操作。

【讨论】：

你能告诉我 1 的剂量是多少吗？？
@mahmood 编辑为答案。如果还不够清楚，请告诉我。
@mahmood 而不是1，你可以有一条规则说{print} - 更多字符但更清晰。

【解决方案2】：

这可能对你有用：

 sed 's/^\(\s*\)>\(\S*\s*\)\{15\}.*/\1\2/;s/,\s*$//' file

【讨论】：