R：如何查找/替换然后自动执行代码？

Question

我有一些 R 代码保存在一个文件 (test_code.R) 中。

ABC_common <- big_fread1("E:/folder/ABC_annotation.text", 
every_nlines=5e5,sep="\t")

makeGRangesFromDataFrame(ABC_common,seqinfo=NULL)

ABC_shared <- ABC_unique[!rownames(ABC_unique) %in% CBL_shared$column1,]

我还有一个名称数据框

goal_shared <- read.delim("E:/goal_shared.txt", header=FALSE)

     V1
1    name1
2    name2
3    name3
4    name4

我想用数据框中的每个“名称”替换代码中的一个单词（示例代码中的“ABC”）。例如，用“name1”代替“ABC”。然后，自动执行代码。然后，并行地将“name2”替换为“ABC”，然后自动执行代码。依此类推，在数据框中的“名称”列表中向下。

到目前为止，我已经使用 gsub_file 成功地将“ABC”替换为“name1”。

gsub_file("test_code.R", "ABC", "name1", fixed=TRUE)

但是，我不确定如何继续：

1. 在数据框中的“名称”列表中递归地执行此操作
2. 每次替换后自动执行代码
3. 并行执行每个替换和执行（运行 Windows）。

任何帮助将不胜感激

Answer 1

如果没有完全可重复的问题，很难给出准确的答案，但这里有一个尝试。 gsub_file 更改目标文件，因此在您编写的代码中，替换只会工作一次。更好的解决方案是将模板文件复制到临时连接中，然后对其进行修改：

for (i in goal_shared$V1) {

  f <- tempfile() # create a temp file
  template <- readLines('test_code.R') # read your template file
  writeLines(template, f) # write the template code into a temp connection
  gsub_file(f, "ABC", i, fixed=TRUE) # rewrite the temp file
  source(f) # run the temp file

}