在滑动窗口步骤中合并列答案

【问题标题】：Merging columns in sliding window steps在滑动窗口步骤中合并列
【发布时间】：2020-10-29 20:13:52
【问题描述】：

我有一个制表符分隔文件

NC_044998.1     3778    0       CC      0       CC      0       CC      0       CC      1       CT      0       CC      0       CC      0       CC      0       CC      1       CT      0      CC       var     heterozygous    varvar  9       0.818182        2       0.181818        refref  refref  refref  refref  refdev  refref  refref  refref  refref  refdev  refref  homo    homo   homo     homo    het     homo    homo    homo    homo    het     homo    9       0       2       0       9       2
NC_044998.1     3787    0       CC      0       CC      1       CG      0       CC      0       CC      0       CC      0       CC      0       CC      0       CC      0       CC      0      CC       var     heterozygous    varvar  10      0.909091        1       0.0909091       refref  refref  refdev  refref  refref  refref  refref  refref  refref  refref  refref  homo    homo   het      homo    homo    homo    homo    homo    homo    homo    homo    10      0       1       0       10      1

$32-$43 的列有某种信息 (ref/dev)，而$43-$54 的列有另一个 (homo/het) 我想合并它们，以便 col $32 与 col $32 + 11 = $43 合并并附加到文件的末尾，然后移动 i + 1，以便合并 $33$44 并附加，然后是$34$45，依此类推。输出看起来像

NC_044998.1     3778    0       CC      0       CC      0       CC      0       CC      1       CT      0       CC      0       CC      0       CC      0       CC      1       CT      0      CC       var     heterozygous    varvar  9       0.818182        2       0.181818        refref  refref  refref  refref  refdev  refref  refref  refref  refref  refdev  refref  homo    homo   homo     homo    het     homo    homo    homo    homo    het     homo    9       0       2       0       9       2   refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo  refdevhet  refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo  refdevhet refrefhomo
NC_044998.1     3787    0       CC      0       CC      1       CG      0       CC      0       CC      0       CC      0       CC      0       CC      0       CC      0       CC      0      CC       var     heterozygous    varvar  10      0.909091        1       0.0909091       refref  refref  refdev  refref  refref  refref  refref  refref  refref  refref  refref  homo    homo   het      homo    homo    homo    homo    homo    homo    homo    homo    10      0       1       0       10      1   refrefhomo  refrefhomo  refdevhet  refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo

我可以一个一个的

 cut -f32,43 file | sed 's/ //g' | paste file - > file.tmp

但它会生成 11 个 tmp 文件

【问题讨论】：

标签： bash awk gsub

【解决方案1】：

你可以试试这个awk:

awk 'BEGIN {
   FS=OFS="\t"
}
{
   for (i=32; i<43; ++i)
      $0 = $0 OFS $i $(i+11)
} 1' file

NC_044998.1 3778    0   CC  0   CC  0   CC  0   CC  1   CT  0   CC  0   CC  0   CC  0   CC  1   CT  0   CC  var heterozygous    varvar  9   0.818182    2   0.181818    refref  refref  refref  refref  refdev  refref  refref  refref  refref  refdev  refref  homo    homo    homo    homo    het homo    homo    homo    homo    het homo    9   0   2   0   9   2   refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo  refdevhet   refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo  refdevhet   refrefhomo
NC_044998.1 3787    0   CC  0   CC  1   CG  0   CC  0   CC  0   CC  0   CC  0   CC  0   CC  0   CC  0   CC  var heterozygous    varvar  10  0.909091    1   0.0909091   refref  refref  refdev  refref  refref  refref  refref  refref  refref  refref  refref  homo    homo    het homo    homo    homo    homo    homo    homo    homo    homo    10  0   1   0   10  1   refrefhomo  refrefhomo  refdevhet   refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo  refrefhomo

【讨论】：

谢谢！这应该让我的文本处理周结束！
你的问题很吸引人

【解决方案2】：

像@anubhava sir's 这样的答案在逻辑上很明智。带有变量和一个小的附加逻辑，将数字添加到行尾，最大字段数与起始字段数不同。

awk -v startFieldnum="32" -v tillFieldnum="43" '
BEGIN{
   FS=OFS="\t"
   diff=(tillFieldnum-startFieldnum)
}
{
   for (i=startFieldnum; i<tillFieldnum ; ++i)
      $0 = $0 OFS $i $(i+diff)
} 1' Input_file

【讨论】：