在 python 中对 BED/Interval 文件中的每一行进行相同的更改答案

【问题标题】：Making the same change to every line in a BED/Interval file in python在 python 中对 BED/Interval 文件中的每一行进行相同的更改
【发布时间】：2013-06-17 15:57:11
【问题描述】：

我有一个 BED 间隔文件，我正在尝试使用 Galaxy 在线工具处理它。目前，文件中的每一行都以一个数字（代表染色体编号）开头。为了正确上传，我需要每行以“chr”开头，然后是数字。因此，例如以“2L”开头的行，我需要进行更改，以便它们以“chr2L”开头，并对以数字开头的所有其他行执行相同操作（不仅仅是 2L，还有许多不同的数字）。我在想如果我可以在每一行的开头添加一个“chr”而不影响其他列，那会很棒，但我不知道该怎么做（对python来说很新）你能帮帮我吗？

谢谢。

【问题讨论】：

您是否受限于使用 python（与 sed、awk 或 perl 等专为此类任务设计的工具相反）？
例如perl -pi -e 's/^/chr/' inputfile.bde

标签： python inline-editing genome

【解决方案1】：

http://docs.python.org/2/library/stdtypes.html#file.writelines

with open('bed-interval') as f1, open('bed-interval-modified', 'w') as f2:
    f2.writelines('chr' + line for line in f1)

【讨论】：

【解决方案2】：

第一步打开文件

  file = open("somefile.txt")

第 2 步获取线路

  lines = list(file.readlines())
  file.close()

第 3 步使用列表推导

   new_lines = ["chr"+line for line in lines]

步骤 4 将新行写回文件

   with open("somefile.txt","w") as f:
       f.writelines(new_lines)

为了不在内存中存储所有行

   file1 = open("some.txt")
   file2 = open("output.txt","w")

   for line in file1:
       print >> file2, "chr"+ line

   file1.close()
   file2.close()

然后只需将output.txt 复制到您的原始文件名

【讨论】：

这是否需要 Python 一次将所有新行或旧行保存在内存中？我猜它确实需要旧线路。
或者你可以写入一个不同的文件，然后在最后只复制原始文件......但是如果你想写入同一个文件，你需要将所有行读入内存
啊，真的。我错过了你写回同一个文件的事实。