小牛队：brew install scipy——好的，brew test scipy——失败答案

【问题标题】：Mavericks: brew install scipy -- okay, brew test scipy -- failure小牛队：brew install scipy——好的，brew test scipy——失败
【发布时间】：2014-11-12 14:34:02
【问题描述】：

我按照here 的建议在 Mavericks 上安装 SciPy 并运行：

brew install python3

pip3 install virtualenv nose

brew install numpy --with-python3
brew install scipy --with-python3

brew test numpy
brew test scipy

直到最后一个命令产生：

Testing scipy
==> python -c import scipy; assert not scipy.test().failures
Python version 2.7.5 (default, Mar  9 2014, 22:15:05) [GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 5.0 (clang-500.0.68)]
nose version 1.3.4
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
AssertionError
Error: scipy: failed
Failed executing: python -c import\ scipy;\ assert\ not\ scipy.test().failures
/usr/local/Library/Homebrew/formula.rb:585:in `system'
/usr/local/Library/Taps/homebrew/homebrew-python/scipy.rb:78:in `block (2 levels) in <class:Scipy>'
/usr/local/Library/Homebrew/language/python.rb:25:in `call'
/usr/local/Library/Homebrew/language/python.rb:25:in `block in each_python'
/usr/local/Library/Homebrew/language/python.rb:17:in `each'
/usr/local/Library/Homebrew/language/python.rb:17:in `each_python'
/usr/local/Library/Taps/homebrew/homebrew-python/scipy.rb:77:in `block in <class:Scipy>'
/usr/local/Library/Homebrew/formula.rb:509:in `block in run_test'
/usr/local/Library/Homebrew/extend/fileutils.rb:21:in `mktemp'
/usr/local/Library/Homebrew/formula.rb:507:in `run_test'
/usr/local/Library/Homebrew/cmd/test.rb:59:in `block (2 levels) in test'
/System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/2.0/usr/lib/ruby/2.0.0/timeout.rb:66:in `timeout'
/usr/local/Library/Homebrew/cmd/test.rb:58:in `block in test'
/usr/local/Library/Homebrew/cmd/test.rb:37:in `each'
/usr/local/Library/Homebrew/cmd/test.rb:37:in `test'
/usr/local/Library/brew.rb:136:in `<main>'

当我打开 python3 并输入 import scipy; scipy.test() 时，我收到数百个错误和数十个失败的测试：

FAILED (KNOWNFAIL=276, SKIP=920, errors=326, failures=42)
<nose.result.TextTestResult run=16412 errors=326 failures=42>

我做错了什么？我之前安装了一堆软件（比如 Python），然后卸载了所有东西并重新开始，但可能没有那么干净。我可以在不重新安装 Mavericks 的情况下挽救这个问题吗？

同时，Homebrew 安装了 GCC 4.9 作为 NumPy 的依赖项，但该输出表明我仍在使用随 XCode 安装的任何内容。这可能是一个单独的问题，但gcc -v 给了我：

Configured with: --prefix=/Library/Developer/CommandLineTools/usr --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.2.1
Apple LLVM version 6.0 (clang-600.0.54) (based on LLVM 3.5svn)
Target: x86_64-apple-darwin13.4.0
Thread model: posix

我提到它的原因是我想知道我是否对我的系统造成了更大的问题。

【问题讨论】：

评论：不要听从那个建议。安装 anaconda python 或 enthought canopy，即提供 scipy
@GiulioGhirardo 我想使用 Homebrew
很公平。我可以问你为什么吗？
@GiulioGhirardo 我喜欢把所有东西都放在一个地方。几个月前我刚开始使用 Windows，Program Files 一直在我脑海中浮现。但自从你发表评论以来，我一直在考虑更多，我可能会改变主意。无论哪种方式，我都会在优胜美地之前重新格式化这周，所以也许这无关紧要
请将此报告给 scipy 问题跟踪器；这反映了 scipy 中的一个错误。如果您只是“pip install scipy”，您会看到类似的东西吗？此外，您说：“与此同时，Homebrew 安装了 GCC 4.9 作为 NumPy 的依赖项，但该输出表明我仍在使用我在 XCode 中安装的任何内容。”这很正常; Homebrew 安装的 GCC 被命名为 gcc-4.9。

标签： python installation scipy osx-mavericks homebrew

【解决方案1】：

这些错误是虚假的，可以忽略。这将在即将发布的 scipy 中修复。解释这个问题的 scipy 问题在这里：https://github.com/scipy/scipy/issues/3853

Homebrew-python scipy 公式现在应用了与 scipy 将在下一个版本中应用的相同修复；在brew update && brew reinstall scipy 之后，brew test scipy 将通过。

【讨论】：

【解决方案2】：

我在使用 Python 2.7 时遇到了同样的问题。我尝试了几种不同的方法：

在 /usr/local/bin 中创建一个名为“gcc”的软链接到 gcc-4.9，以便当我执行which gcc
时，酿造的版本就会出现
sudo ln -s /usr/local/Cellar/gcc/4.9.2/bin/gcc-4.9 /usr/local/bin/gcc
告诉 brew 使用默认的 FORTRAN 标志：

brew install scipy --default-fortran-flags

我仍然遇到与您在回复brew test scipy 时描述的错误相同的错误。运行 numpy 的测试套件没有产生任何错误。

【讨论】：