jpeg R 包安装在非标准位置找不到 jpeglib.h答案

【问题标题】：jpeg R package instalation does not find jpeglib.h in non standard locationjpeg R 包安装在非标准位置找不到 jpeglib.h
【发布时间】：2019-05-10 14:52:59
【问题描述】：

我正在尝试在 Linux 服务器的 R 中安装 jpeg 包（我没有 sudo 访问权限），而 jpeg 安装找不到 jpeglib.h 我在本地安装。当configure.args='--with-libjpeg-include=/path 失败时，我如何告诉 R 去哪里寻找它？

服务器操作系统版本为 CentOS Linux 7 (Core)

在 R 中我跑了：

>install.packages('jpeg', lib="/shared/mybossusr/R3.5.0/lib", repos="https://mirrors.nic.cz/R/", destdir="/shared/mybossusr/usr/tmp")

我得到了这个错误：

rjcommon.h:11:21：致命错误：jpeglib.h：没有这样的文件或目录 #包括

所以我安装了 jpeg-turbo

wget https://downloads.sourceforge.net/libjpeg-turbo/libjpeg-turbo-2.0.2.tar.gz
mkdir libjpeg-turbo-2
cd libjpeg-turbo-2
cmake -G"Unix Makefiles" -DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/shared/mybossusr/bin/libjpeg-turbo-2 /shared/mybossusr/download/libjpeg-turbo-2.0.2
make
make install

我查了一下，jpeglib.h 在/shared/mybossusr/bin/libjpeg-turbo-2/include

我在~/.bashrc 的末尾添加了这个：

export CFLAGS="-I/usr/include -I=/shared/mybossusr/bin/libjpeg-turbo-2"

我退出并登录，尝试在 R 中安装 jpeg 时遇到同样的错误。我还在~/.barsh 的路径中添加了库的位置：

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/shared/mybossusr/bin/libjpeg-turbo-2/include
export PATH=$PATH:/shared/mybossusr/bin/libjpeg-turbo-2/include

以防万一，因为我不完全了解软件何时会出现在哪里。 source ~/.bashrc，注销再登录，但没有任何改变。

所以，我后来在 R 中尝试了一些我想出的论点：

install.packages('jpeg', lib="/shared/mybossusr/R3.5.0/lib", repos="https://mirrors.nic.cz/R/", destdir="/shared/mybossusr/R3.5.0/tmp", configure.args='--with-libjpeg-include=/shared/mybossuser/bin/jpeg/include')

和：

install.packages('jpeg', lib="/shared/mybossusr/R3.5.0/lib", repos="https://mirrors.nic.cz/R/", destdir="/shared/mybossusr/R3.5.0/tmp", configure.args='--with-libjpeg=/shared/mybossuser/bin/jpeg')

或：

install.packages('jpeg', lib="/shared/mybossusr/R3.5.0/lib", repos="https://mirrors.nic.cz/R/", destdir="/shared/mybossusr/R3.5.0/tmp", configure.args='--with-libjpeg-lib=/shared/mybossuser/bin/jpeg/include')

试图告诉 R libjpeg 的安装位置，但没有任何效果。

有没有configure.args 可以解决问题？到目前为止，对于其他软件包，使用--with-package_name-lib 非常简单，但我对这个一无所知...

提前致谢！

【问题讨论】：

不是 Linux 专家，但您是否尝试将 jpeglib.h 的位置添加到您的路径中？据我所知R 会在那里寻找已安装的库...
谢谢 JBGruber，我已经做到了。帖子里是这么说的，但我要对其进行编辑，以便更清楚
@Mosky 你找到解决方案了吗？同样的问题，我尝试在 RHEL 上安装 ggmap，由于 jpeglib.h 而失败
@Afiq Johari 不幸的是，我有点着急，所以我放弃了，最后在我是 sudo 的本地计算机上运行分析，即使速度较慢，我也没有有什么问题。

标签： r linux installation libjpeg

【解决方案1】：

尝试安装libjpeg-turbo-devel 包。这就是我在 RHEL 7 上所做的。根据this page，在 CentOS 7 上，包名称是相同的。

【讨论】：

【解决方案2】：

对我来说，这就是诀窍：

在非标准位置安装 jpeg-turbo，例如 $HOME/local，来自：

https://github.com/libjpeg-turbo/libjpeg-turbo/releases

cmake -G"Unix Makefiles" -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/local
make
make install

然后将这些全局变量指向您的 .bashrc 中的安装位置：

export LIBRARY_PATH=$HOME/local/lib64:$HOME/local/lib:$LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/local/lib64:$HOME/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export C_INCLUDE_PATH=$HOME/local/include:$C_INCLUDE_PATH

然后再次尝试 R 包

【讨论】：