在kernlab中的SVM训练之外的内核矩阵计算答案

【问题标题】：kernel matrix computation outside SVM training in kernlab在kernlab中的SVM训练之外的内核矩阵计算
【发布时间】：2015-02-15 23:12:44
【问题描述】：

我正在开发一种新算法，该算法会生成一个修改过的核矩阵，用于使用 SVM 进行训练，但遇到了一个奇怪的问题。

出于测试目的，我比较了使用 kernelMatrix 接口和普通内核接口学习的 SVM 模型。例如，

# Model with kernelMatrix computation within ksvm
svp1 <- ksvm(x, y, type="C-svc", kernel=vanilladot(), scaled=F)
# Model with kernelMatrix computed outside ksvm
K <- kernelMatrix(vanilladot(), x)
svp2 <- ksvm(K, y, type="C-svc")
identical(nSV(svp1), nSV(svp2))

请注意，我已关闭缩放，因为我不确定如何在内核矩阵上执行缩放。

据我了解，svp1 和 svp2 应该返回相同的模型。然而，我观察到这对于一些数据集来说并非如此，例如来自KEEL 的glass0。

我在这里错过了什么？

【问题讨论】：

你能发布你用来加载 x 和 y 的代码吗？我只是用玩具数据尝试了这个，这两个对我来说是相同的。
@Aabglov 使用 glass0 数据集我发现 OP 发布了相同的错误。

标签： r svm kernlab

【解决方案1】：

我认为这与here 发布的同一问题有关。当显式使用 vanilladot() 时，kernlab 似乎以不同的方式处理 ksvm 的计算，因为它的类是“vanillakernel”而不是“内核”。

如果您使用“kernel”类而不是“vanillakernel”类定义自己的 vanilladot 内核，则两者的代码将是等效的：

kfunction.k <- function(){
   k <- function (x,y){crossprod(x,y)}
   class(k) <- "kernel"
   k}
l<-0.1 ; C<-1/(2*l)

svp1 <- ksvm(x, y, type="C-svc", kernel=kfunction.k(), scaled=F)

K <- kernelMatrix(kfunction.k(),x)

svp2 <- ksvm(K, y, type="C-svc", kernel='matrix', scaled=F)

identical(nSV(svp1), nSV(svp2))

值得注意的是，svp1 和 svp2 都与它们在原始代码中的值不同，因为这种变化。

【讨论】：