R，插入符号：保存/加载并行随机森林失败答案

【问题标题】：R, Caret: save/load parallel random forest failsR，插入符号：保存/加载并行随机森林失败
【发布时间】：2015-02-13 15:34:11
【问题描述】：

我在使用插入符号 (R) 中的并行随机森林时遇到了一个问题。我看到它们是多个似乎处理同一个问题的问题，但在阅读完答案后，我仍然遇到同样的问题。

我有一个数据集，我用它来训练这样的模型：

rfParam <- expand.grid(mtry = 5)
parRFModel <- train(
    form = Class~.,
    data = datasetShorted,
    method="parRF",
    tuneGrid = rfParam
    )

我可以使用这个模型进行预测，使用以下命令：

predictions <- extractPrediction(list(parRFModel), testX = datasetShorted[1:10,2:numFeatures])

然后我保存模型：

save(parRFModel, file="parRFModel-MTry5.RData")

问题是当我重新启动 R，重新加载所有库然后执行时

load("parRFModel-MTry5.RData")

模型已正确加载，但我无法预测：

> parRFModel
Parallel Random Forest 

40794 samples
 1947 predictors
    8 classes: '0', '1', '2', '3', '4', '5', '6', '7' 

No pre-processing
Resampling: Bootstrapped (25 reps) 

Summary of sample sizes: 40794, 40794, 40794, 40794, 40794, 40794, ... 

Resampling results

  Accuracy   Kappa     Accuracy SD  Kappa SD 
  0.6877108  0.477487  0.004078363  0.0072271

Tuning parameter 'mtry' was held constant at a value of 5

> predictions <- extractPrediction(list(parRFModel), testX = datasetShorted[1:10,2:numFeatures])
Error in UseMethod("predict") : 
  no applicable method for 'predict' applied to an object of class "randomForest"
> class(parRFModel)
[1] "train"         "train.formula"

您知道为什么会这样吗？保存/加载功能有问题吗？非常感谢！

【问题讨论】：

这是caret 和R 的哪个版本？您是否也尝试过使用predict(parRFModel, datasetShorted[1:10,2:numFeatures])。看起来 randomForest 包没有加载。请给我们sessionInfo()崩溃后的结果。
你是英雄！原来我在调用 train 时间接加载了 randomForest ，但在第二种情况下它没有加载，这就是它崩溃的原因。首先调用 library(randomForest)，解决了这个问题。非常感谢你！附言也可能不相关，这是最新版本 caret_6.0-37、R 版本 3.0.2 和 randomForest_4.6-10。

标签： r load random-forest predict r-caret

【解决方案1】：

只是为了让答案明确，以便下一个观众更容易：

确保在尝试使用 predict 方法之前调用 library(randomForest)。这将确保randomForest 包被加载，因此predict 方法是为randomForest 类的对象定义的。

【讨论】：