在哪里可以找到可靠的 K-medoid（不是 k-means）开源软件/工具？ [关闭]答案

【问题标题】：Where to find a reliable K-medoid(Not k-means) open source software/tool? [closed]在哪里可以找到可靠的 K-medoid（不是 k-means）开源软件/工具？ [关闭]
【发布时间】：2011-12-01 19:06:08
【问题描述】：

我正在学习 K-medoids 算法，如果我问了不恰当的问题，我很抱歉。据我所知，K-medoids 算法实现了 K-means 聚类，但使用实际数据点作为质心而不是数学计算的平均值。

当我在网上搜索时，我发现了很多 k-means 工具，例如 GenePattern、geWengh 等，但没有发现 k-medoids 工具。一些好朋友向我展示了在 Matlab 中，也有一个用户编写的。但是，恐怕个人实现的工具可能仍然存在一些错误或限制。因此，我想知道是否有一些广泛使用的可靠开源软件/工具使用实际数据点作为质心进行聚类。我需要找出有关实际质心的信息，因此仅返回聚类结果是不够的。我更喜欢网站在线的，但如果不是这种情况，我可以将它安装到我的本地机器上。非常感谢，

【问题讨论】：

标签： open-source cluster-analysis k-means

【解决方案1】：

C Clustering Library (source, Manual) 中提供了 C 中的 k-medoid 实现。（注意，Cluster 3.0 是这个库的扩展，可能不提供 k-medoids）

来自手册：

在 C 聚类库中，提供了三种分区算法： • k 均值聚类 • k 中位数聚类 • k-medoids 聚类
k-medoids in mlpy, Machine Learning library in Python
k-medoids in Matlab
k-medoids in Java
k-medoids in C++

【讨论】：

感谢您的回复。据我所知，k-medians 与 k-medoids 不同。此外，Cluster 3.0 工具不会将质心作为原始数据点返回。如果我错了，请纠正我。关于其他程序和代码，它们很好。但是，由于它们是由个人编写的，而不是由 GenePattern 或 Cluster3.0 等实验室编写的，所以我有点担心它们的局限性。无论如何，如果没有其他解决方案，我会尝试使用个人的软件。
@Cassie ，C 聚类库是 Cluster 3.0 的前传，由同一页面中的同一作者提供。那里提供了 k-medoids（和 k-median）。另外，mlpy 不是个人写的。
R 库集群同时提供 k-means 和 k-medoids。
我在 mlpy 中找不到任何 k-medoids。它消失了吗？还是有别的名字？

【解决方案2】：

软件：

ELKI 包括多种 k-means 变体，包括 K-medoids 和 PAM。
GNU R 包括 k-means 的“flexclust”包变体和“cluster”包。

来源：http://en.wikipedia.org/wiki/K-medoids

【讨论】：

【解决方案3】：

对于 Python，我找到了一个实现 PAM 和 Clara 的包：PyCluster

【讨论】：