Python - 使用 K-means 进行聚类。一些方差为零的列答案

【问题标题】：Python - Clustering with K-means. Some columns with zero variancePython - 使用 K-means 进行聚类。一些方差为零的列
【发布时间】：2013-03-11 06:54:46
【问题描述】：

我有一个由约 200 个 99x20 频率数组组成的数据集，每列总和为单位。我已经使用像这样的热图绘制了这些图。每个数组都非常稀疏，每 99 个位置只有大约 1-7/20 个非零值。

但是，我想根据它们的频率分布的相似程度（最小欧几里德距离或类似的东西）对这些样本进行聚类。我将每个 99x20 阵列排列成一个 1980x1 阵列，并将它们聚合成一个 200x1980 观察阵列。

在找到集群之前，我尝试使用scipy.cluster.vq.whiten 对数据进行白化。 whiten 通过方差对每列进行归一化，但由于我展平数据数组的方式，我有一些 (8) 列的频率全为零，因此方差为零。因此，白化后的数组具有无限值，质心查找失败（或给出约 200 个质心）。

我的问题是，我应该如何解决这个问题？到目前为止，我已经尝试过

不要白化数据。这会导致 k-means 每次运行时都给出不同的质心（有点预期），尽管大大增加了 iter 关键字。
在展平阵列之前转置阵列。零方差列只是移动。

可以只删除其中一些零方差列吗？这会以任何方式偏向聚类吗？

编辑：我也尝试过使用我自己的 whiten 函数

for i in range(arr.shape[1]):
    if np.abs(arr[:,i].std()) < 1e-8: continue
    arr[:,i] /= arr[:,i].std()

这似乎可行，但我不确定这是否会以任何方式偏向集群。

谢谢

【问题讨论】：

作为次要编码点，在检查 0.0 浮点值时不要使用相等检查。 if arr[:,i].std() == 0 应该是 if abs(arr[:,i].std()) < epsilon，其中 epsilon 是一个非常小的值，例如 0.0000001。否则，您可能会得到舍入错误，导致 0 值浮点数显示为非零。对于给定的问题，它可能总是可以正常工作，但总的来说，上述方法是进行浮动“平等”检查的更好方法。
@Pyrce 谢谢，已编辑。

标签： python cluster-analysis bioinformatics k-means variance

【解决方案1】：

删除所有 0 的列不应使数据产生偏差。如果你有 N 维数据，但一维都是同一个数，这与拥有 N-1 维数据完全一样。这种有效维数的属性称为rank。

考虑 3-D 数据，但您的所有数据点都在 x=0 平面上。你能看出这与二维数据完全相同吗？

【讨论】：

那么你会考虑我已经做了一个有效的解决方案吗？
我不确定，但您可能需要将 if 更改为： if all(np.abs(arr[:,i].std())
arr[:,i].std() 返回一个浮点数，所以我认为没有必要。

【解决方案2】：

首先，删除常量列是非常好的。显然他们不提供信息，所以没有理由保留它们。

然而，K-means 对于稀疏向量并不是特别好。问题在于，生成的“质心”很可能与集群成员之间的彼此更相似。看，在稀疏数据中，每个对象在某种程度上都是一个异常值。而且 K-means 对异常值非常敏感，因为它试图最小化 平方和。

我建议您执行以下操作：

找到一个适用于您的域的相似性度量。在如何为您的特定用例捕获相似性方面花费大量时间。
一旦你有了相似度，计算 200x200 的相似度矩阵。由于您的数据集非常小，您实际上可以运行昂贵的聚类方法，例如层次聚类，这些方法无法扩展到数千个对象。如果需要，您还可以尝试 OPTICS 集群或 DBSCAN。但特别是如果您的数据集更大，DBSCAN 实际上会更有趣。对于微小的数据集，层次聚类很好。

【讨论】：