可以将 Fortran 数组保存为 .npy 格式吗？

Question

我正在使用 Fortran 进行数值计算。 Fortran 中的通用标准是将数组保存为.dat 文件。我想偶尔将数组传输到 Python 以进行进一步操作。做这件事的方法

• 用python编写脚本来读取.dat文件并生成一个numpy数组
• 在保存数组时使用 HDF5、NETCDF 等（可在 Python 中访问）

.dat 文件脚本阅读器需要根据数组的存储方式进行定制。为了便于使用，每个文件可能需要存储一个数组。 我的阵列不是那么大，所以我不喜欢使用 HDF5。但是如果没有其他选择，请告诉我。

这与Reading arrays from .npy files into Fortran 90相反

Answer 1

我的MRedies NPY-for-Fortran 使用得还不够，但它似乎正是您要找的。​​p>

来自自述文件

Fortran 的 NPY

此 Fortran 模块允许将数字 Fortran 数组保存为 Numpy 的 .npy 或 .npz 格式。目前支持的有：

1. integer(1), integer(2), integer(4), integer(8)
2. real(4), real(8)
3. complex(4), complex(8)

*.npy 文件 将数组保存到 .npy 文件中只需调用：

call save_npy("filename.npy", array) 

另外，请留意fortran standard library 上的这个pull request

另一个选项，我没有测试过

不是我的想法先看CAZT'sCAZT's stackoverflow answer评论

libnpy 似乎是一个库，它提供了使用 NumPy 的二进制格式将 C 或 Fortran 数组保存到数据文件的简单例程。

以下摘自https://scipy-cookbook.readthedocs.io/items/InputOutput.html

program fex
    use fnpy
    use iso_c_binding
    implicit none

    integer  :: i
    real(C_DOUBLE) :: a(2,4) = reshape([(i, i=1,8)], [2,4])

    call save_double("fa.npy", shape(a), a)
end program fe

程序会创建一个文件fa.npy，您可以按照通常的方式将其加载到python中。

但 NumPy 数组的条目现在遵循 Fortran（列优先）排序。

>>> fa = np.load('fa.npy')
>>> print fa
[[ 1.  3.  5.  7.]
 [ 2.  4.  6.  8.]] 

您可以使用命令在与fex.f95 相同的目录中构建带有npy.mod 和libnpy.a 的可执行文件。

gfortran -o fex fex.f95 libnpy.a

仅供参考，我在https://github.com/kovalp/libnpy偶然发现了一个更新版本的libnpy

可能的错误

来自Matthias Redies 如果您使用 libnpy 保存一些数组切片 call save_npy(a(:,1,:))，您将不会高兴。