使用 PMID 下载 Medline 摘要的脚本答案

【问题标题】：Script for downloading Medline abstracts with PMID使用 PMID 下载 Medline 摘要的脚本
【发布时间】：2014-09-09 00:45:19
【问题描述】：

我正在寻找一个脚本，通过提供 PubMed ID (PMID) 编号列表（例如，从 . .csv 文件）。理想的脚本是 R 和 Python，但我当然愿意接受任何解决方案或建议。 PubMed 可以找到here。

顺便说一句，我确实找到了一个名为 MedlineR 的旧包，但这个包从未进入 Bioconductor，而且最近似乎没有任何关于它的讨论。

【问题讨论】：

标签： python r web-scraping

【解决方案1】：

biopython 模块提供此功能。稍微修改教程中的例子（http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec136）：

from Bio import Medline, Entrez
pmids = ['18680603', '18665331', '18661158', '18627489', '18627452', '18612381']
Entrez.email = 'your_email@your_address.com'
handle = Entrez.efetch(db="pubmed", id=pmids, rettype="medline", retmode="text")
records = Medline.parse(handle)
# returns a generator containing dicts 
# E.g. to get journal titles back
for record in records:
    print record['JT']   # Abstracts would be record['AB']

BMC pregnancy and childbirth
Journal of natural medicines
Mycorrhiza
The New phytologist
Molecular ecology
PloS one

【讨论】：

【解决方案2】：

RISmed 软件包似乎可以满足您的需求。这是从手册中抄来的。

require("RISmed")
res <- EUtilsSummary("myeloma[ti] jones[au]")
summary(res)

Query:
myeloma[ti] AND jones[au] 

Result count:  66

fetch <- EUtilsGet(res)
PMID(fetch)
> [1] "25188537" "25181509" "25042852" ...
AbstractText(fetch)[[1]]
[1] "The cause of follicular spicules in multiple myeloma (MM) is not known."

【讨论】：

【解决方案3】：

不是 100% 肯定，但我认为您可以使用 R 中的 metafor 包做一些非常相似的事情，这是一个用于执行元分析的优秀包......也许值得一试。

【讨论】：

作为包作者，我很欣赏关于metafor 的积极cmet。但只是为了节省 OP 一点时间，metafor 没有提供任何功能可以满足 OP 的要求。