如何使用 Python 绘制所有峰值

Question

我正在使用 peakutils Python 包来检测我的数据中的峰值（estimated.csv 的第二列 - 找到 here（点击链接）。

这是我找到峰值的代码：

#/usr/bin/python -tt

import pandas as pd
import peakutils

estimated_data = pd.read_csv("estimated.csv", header=None)
col2 = estimated_data[:][1] # Second column data
print(col2[:]) # Print all the rows
index = peakutils.indexes(col2, thres=0.4, min_dist=1000)
print(index) 

峰值检测工作正常。我想绘制所有检测到的峰值，就像在下面的教程中一样。

https://plot.ly/python/peak-finding/

但似乎plotly 似乎无法离线工作。使用Python 包如matplotlib 是否有不同的方法？

Answer 1

可以通过使用带有标记的绘图来使用 matplotlib 绘制峰值。数据按从 peakutils 函数中找到的索引进行索引。

import pandas as pd
import peakutils
import matplotlib.pyplot as plt

estimated_data = pd.read_csv("data/estimated.csv", header=None)
col1 = estimated_data[:][0] # First column data
col2 = estimated_data[:][1] # Second column data

index = peakutils.indexes(col2, thres=0.4, min_dist=1000)

plt.plot(col1,col2, lw=0.4, alpha=0.4 )
plt.plot(col1[index],col2[index], marker="o", ls="", ms=3 )

plt.show()

为了用一条线连接峰（如 cmets 中所要求的），on 将简单地省略 ls=""，

plt.plot(col1[index],col2[index], marker="o", ms=3 )