安装 netCDF4 时“找不到 hdf5 库”

Question

我正在尝试在 MacOSX 上从源代码构建 NetCDF4。当我运行 ./configure 时出现错误：

checking for library containing H5Fflush... no
configure: error: Can't find or link to the hdf5 library. Use --disable-netcdf-4, or     see config.log for errors.

我之前安装了hdf5，环境变量设置为：

LDFLAGS=-L/opt/local/lib
CPPFLAGS=-I/opt/local/include

在 /opt/local/lib 我有这些文件：

libhdf5.8.dylib             
libhdf5.a               
libhdf5.dylib               
libhdf5.settings            
libhdf5_cpp.8.dylib         
libhdf5_cpp.a               
libhdf5_cpp.dylib           
libhdf5_hl.8.dylib          
libhdf5_hl.a                
libhdf5_hl.dylib            
libhdf5_hl_cpp.8.dylib          
libhdf5_hl_cpp.a            
libhdf5_hl_cpp.dylib

在 /opt/local/include 我有：

hdf5.h      hdf5_hl.h

为什么配置脚本找不到 hdf5 库？如果需要，我很乐意提供更多信息！

编辑： 我的最终目标是安装 netcdf4 用作 Fortran 模块。我试过通过 MacPorts 安装所有东西，它似乎可以工作，但是当我尝试使用它时，编译器告诉我没有 netcdf.mod 文件，果然在任何地方都找不到。 原来只要输入：

sudo port install netcdf-fortran

只安装库文件，但不创建 .mod 文件，我猜这是需要的。所以我发现其他人也有同样的问题，给出的建议是用 gcc44 安装它，它确实创建了一个 .mod 文件，但后来我的编译器告诉我 .mod 文件是用不同版本的 gfortran 构建的而且它无法使用，所以我尝试从头开始构建它，但如果有人有更快的选择，我会非常乐意尝试！

Answer 1

通常，当存在无法满足的下游依赖项时，我会看到这种情况。 configure 创建的测试程序正在查找 libhdf5，但编译仍然失败，因为它找不到类似 libz 或 libszip 的内容，具体取决于您的 libhdf5 的编译方式。

如果您检查您的config.log 文件并查找错误，它可能会告诉您一些类似于“未解析符号”的内容。这将提供有关缺少哪个库的线索。如果它链接到静态构建的 libhdf5，您可能需要使用LDFLAGS 添加相应的库。

如果您发布您的 config.log 文件的相关部分，我们或许可以帮助您找出问题所在。

Answer 2

好吧，我终于想通了。 我用macports重新安装了netcdf-fortran，然后.mod文件突然出现了，然后我遇到了问题，但是当运行gfortran时，它会告诉我netcdf.mod是用与我不同版本的fortran编译的使用。 （Macports 使用 4.8），所以从 macports 获得了 gcc48，现在正在使用 gfortran-mp-4.8 进行编译，它可以工作。

仍然不知道如何从头开始构建所有这些东西，但至少现在可以使用！！！

Answer 3

有时它在配置参数中不起作用，例如

 ./configure --enable-shared --enable-fortran --enable-netcdf-4 
 CPPFLAGS=-I$home/apps2/include LDFALGS=-L$home/apps2/lib --prefix=$home/apps2

或者在打开的 SHELL 中导出 CPPFLAGS=-I$home/apps2/include 时不起作用。 也许您可以在 .bashrc 文件中设置环境变量CPPFLAGS 和LDFLAGS（在前两种方式之前）。