【发布时间】：2013-02-26 08:14:42
【问题描述】：
HDF5 数据存储使用 C 约定，即如果我将矩阵 A(N,M,K) 存储在二进制文件中，则存储数据的最快变化维度将具有大小 N。显然，当我使用HDF5的Fortran封装，HDF5自动转置矩阵，与C一致。
我有一个大小为（256 x 128 x 256）的数据存储在由 fortran 编写的未格式化二进制文件中。我正在尝试使用下面给出的程序将其转换为 h5 格式。但最终输出给了我存储矩阵的维度为 (128,256,256)。我不知道该怎么做才能确保最终的 hd5 文件可以在可视化软件 (Paraview) 中正确可视化。
PROGRAM H5_RDWT
USE HDF5 ! This module contains all necessary modules
IMPLICIT NONE
CHARACTER(LEN=6), parameter :: out_file = "out.h5" ! File name
CHARACTER(LEN=6), parameter :: in_file = "in.dat" ! File name
CHARACTER(LEN=4), parameter :: dsetname = "vort"! Dataset name
CHARACTER(LEN=50) :: len
INTEGER(HID_T) :: in_file_id ! File identifier
INTEGER(HID_T) :: out_file_id ! File identifier
INTEGER(HID_T) :: dset_id ! Dataset identifier
INTEGER(HID_T) :: dspace_id ! Dataspace identifier
INTEGER :: in_file_id = 23
INTEGER :: nx = 256, ny=128, nz=256
INTEGER(HSIZE_T), DIMENSION(3) :: dims ! Dataset dimensions
INTEGER :: rank = 3 ! Dataset rank
INTEGER :: error ! Error flag
INTEGER :: i, j, k, ii, jj, kk ! Indices
REAL, allocatable :: buff_r(:,:,:) ! buffer for reading from input file
dims(1) = nx
dims(2) = ny
dims(3) = nz
allocate(buff_r(nx,ny,nz))
! Read the input data.
open (in_file_id,FILE=in_file,form='unformatted',access='direct',recl=4*nx*ny*nz)
read (in_file_id,rec=1) buff_r
! Initialize FORTRAN interface of HDF5.
CALL h5open_f(error)
! Create a new file.
CALL h5fcreate_f (out_file, H5F_ACC_TRUNC_F, out_file_id, error)
! Create the dataspace.
CALL h5screate_simple_f(rank, dims, dspace_id, error)
! Create the dataset with default properties.
CALL h5dcreate_f(out_file_id, dsetname, H5T_NATIVE_REAL, dspace_id, &
dset_id, error)
! Write the dataset.
CALL h5dwrite_f(dset_id, H5T_NATIVE_REAL, buff_r, dims, error)
! End access to the dataset and release resources used by it.
CALL h5dclose_f(dset_id, error)
! Terminate access to the data space.
CALL h5sclose_f(dspace_id, error)
! Close the file.
CALL h5fclose_f(out_file_id, error)
! Close FORTRAN interface.
CALL h5close_f(error)
deallocate(buff_r)
END PROGRAM H5_RDWT
为了说明发生了什么，我正在使用以下脚本生成一个示例数据文件：
program main
!-------- initialize variables -------------
character(8) :: fname
integer, parameter:: n = 32
real*8, dimension(n,n,2*n) :: re
integer i,j,k, recl
Inquire( iolength = recl ) re
!------ fill in the array with sample data ----
do k = 1, 2*n
do j = 1, n
do i = 1, n
re(i,j,k) = 1.0
end do
end do
end do
!------ write in data in a file -----------
write(fname, "(A)") "data.dat"
open (10, file=fname, form='unformatted', access='direct', recl=recl)
write(10,rec=1) re
close(10)
stop
end program main
我复制粘贴了 Ian Bush 的程序，并将 nx、ny 和 nz 的值分别更改为 32、32 和 64。我希望生成的 h5 文件具有尺寸（32、32、64）。但结果是（64,32,32）。这是我的机器上发生的事情：
[pradeep@laptop]$gfortran generate_data.f90
[pradeep@laptop]$./a.out
[pradeep@laptop]$ls -l data.dat
-rw-r--r-- 1 pradeep staff 524288 Mar 12 14:04 data.dat
[pradeep@laptop]$h5fc convert_to_h5.f90
[pradeep@laptop]$./a.out
[pradeep@laptop]$ls -l out.h5
-rw-r--r-- 1 pradeep staff 526432 Mar 12 14:05 out.h5
[pradeep@laptop]$h5dump -H out.h5
HDF5 "out.h5" {
GROUP "/" {
DATASET "data" {
DATATYPE H5T_IEEE_F64LE
DATASPACE SIMPLE { ( 64, 32, 32 ) / ( 64, 32, 32 ) }
}
}
}
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【问题讨论】：
标签： fortran binary-data hdf5 paraview