在 Java 流中读取 HDF5

Question

我想读取几 GB 的 HDF5 流。为了可移植性，我还想留在本机 java 中。

我尝试过 Java HDF 对象包和 Java HDF5 接口 (JHI5)，但这些是一些 JNI 解决方案（如果我找不到更好的选择，我可能会重新考虑）。

https://github.com/jamesmudd/jhdf 是原生 java 库，但不支持切片或流式传输，因此不适用于大文件。

在原生 Java 中有更多选择吗？

编辑：我发现了这个：https://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf-java/current/ 它支持切片但不支持流式传输。

Answer 1

作为jhdf 的作者，我想我会添加我的答案。我不知道有任何其他纯 Java 库试图读取 HDF5。这是我开始写一个的主要原因。尽管jhdf 目前不支持切片或流式传输，但我当然希望将来添加它，但这可能还有一段时间。话虽如此，如果有足够的堆空间，几个千兆字节的文件应该没问题，所以可能仍然值得一试。您可能需要一个大约两倍于您要打开的数据集大小的 xml。我已经使用jhdf成功打开了几个千兆字节的数据集。