使用 OpenMP 时 snprintf 中的分段错误

Question

我在某处读到 snprintf 是线程安全的；但是，当我运行我的代码时，它会产生分段错误。

主要功能：

#pragma omp parallel 
{
    #pragma omp for private(j)
    for (i = 0; i < 8; i++) {
        for (j = 0; j < 1; j++) {
            foo(gene_seq); //gene_seq is a large char array
        }
    }
}

以及出错的代码行：

double foo(char *gene_seq){
    char *seq;

    /* some stuff above */
    region_length = end_pos-init_pos+1; // include \0 terminator
    seq = (char *)safe_malloc(sizeof(char) * region_length);
    snprintf(seq, region_length, "%s", gene_seq + init_pos); //SIGSEGV!!!
    /*more stuff*/
}

编辑将 snprintf 行周围的程序更新为：

#pragma omp critical
{
    snprintf(seq, region_length, "%s", gene_seq + init_pos);
}

它仍然无法执行。 gdb 为我提供了以下变量值：

(gdb) p strlen(gene_seq)
$1 = 1405
(gdb) p init_pos
$2 = 683
(gdb) p region_length
$4 = 221   

当我执行单线程程序时，它运行良好，而 gdb 不是很有帮助。我的 glibc 版本是 2.15。如果需要，将提供更多信息。

Answer 1

你可能错过了safe_malloc() 的原型并且是 64 位的吗？

如果“是”，编译器假定 safe_alloc() 返回 32 位，因此如果指针的值大于 2^32，则返回无效指针。

打开所有警告 -Wall -Wextra -pedantic 并聆听编译器告诉你的内容。