用于条件渲染 Rmarkdown 文件的 Makefile

Question

我是 Makefile 新手，我想在 Rmarkdown 文件更改时间戳时使用它来渲染它们，以生成相应的 .pdf 文件。文件data_prep_1.Rmd 被渲染为.pdf 并额外生成输出文件all_sample_data.csv。当data_prep_1.Rmd 被改变（或者它的时间戳被改变）时，它应该被重新渲染，../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd 和distance_matrices.Rmd 因为它们依赖于.csv 文件。如果../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd 的时间戳相对于它的.pdf 发生了变化，那么只有这个.Rmd 文件应该被重新渲染。

将所有 : 和 .pdf 和 .csv 文件放在第一行将导致两个块在每次调用 make 时运行。
我有：

../../data/all_sample_data.csv : data_prep_1.Rmd
    Rscript -e "rmarkdown::render('data_prep_1.Rmd')"
    Rscript -e "rmarkdown::render('../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd')"
    Rscript -e "rmarkdown::render('distance_matrices.Rmd')"

../bioinformatics/Reads_by_sample.pdf :  ../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd
    Rscript -e "rmarkdown::render('../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd')"

如果我执行touch data_prep_1.Rmd，然后执行make，则第一个块将按需要运行。
但是如果我这样做touch ../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd，那么make

我收到make: '../../data/all_sample_data.csv is up to date'。

我知道这是对 Makefile 的笨拙使用，但我怎样才能在单个 Makefile 中获得我想要的行为？

Answer 1

上面的 cmets 令人困惑，但隐藏了答案。

当make 运行时，它不会尝试构建makefile 中的每一个目标。相反，它只尝试在 makefile 中构建 first 目标。在您的 makefile 中，第一个目标是 ../../data/all_sample_data.csv，因此这是 make 将尝试构建的唯一目标。

您可以通过将它们添加到命令行来构建其他目标；例如make ../bioinformatics/Reads_by_sample.pdf。

如果您总是想要一组特定的目标，您所做的就是创建一个新目标作为 makefile 中的第一个目标，其中列出了您想要创建的所有其他目标作为先决条件。按照惯例，但只是惯例，该目标通常称为all。所以它看起来像这样：

all: ../../data/all_sample_data.csv ../bioinformatics/Reads_by_sample.pdf
.PHONY: all

../../data/all_sample_data.csv : data_prep_1.Rmd
        Rscript -e "rmarkdown::render('data_prep_1.Rmd')"
        Rscript -e "rmarkdown::render('../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd')"
        Rscript -e "rmarkdown::render('distance_matrices.Rmd')"

../bioinformatics/Reads_by_sample.pdf :  ../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd
        Rscript -e "rmarkdown::render('../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd')"

.PHONY 不是必需的，但很有用，它告诉 make all 不是真正的文件，而只是 makefile 中的一个虚拟目标。

您还应该考虑创建一些 make 变量并使用 automatic variables 来简化您的 makefile，例如：

BIODIR := ../bioinformatics
DATADIR := ../../data

all: $(DATADIR)/all_sample_data.csv $(BIODIR)/Reads_by_sample.pdf
.PHONY: all

$(DATADIR)/all_sample_data.csv : data_prep_1.Rmd
        Rscript -e "rmarkdown::render('$<')"
        Rscript -e "rmarkdown::render('$(BIODIR)/Reads_by_sample.Rmd')"
        Rscript -e "rmarkdown::render('distance_matrices.Rmd')"

$(BIODIR)/Reads_by_sample.pdf :  $(BIODIR)/Reads_by_sample.Rmd
        Rscript -e "rmarkdown::render('$<')"

如果您有很多这些类型的文件，您可以更进一步并使用模式规则等。

另外，看来你的第一个目标不仅应该依赖于data_prep_1.Rmd，还应该依赖于distance_matrices.Rmd和Reads_by_sample.Rmd；如果有任何这些更改，您不想重建吗？