R Makevars 文件覆盖 R CMD 的默认 g++ 选项？

Question

我有这个独立的 C++ 代码 我正试图用 R 包装 包。

我的问题是我绝对 希望它与 -O3 标志开启。

所以在src/Makevars 文件中 我说：

PKG_CPPFLAGS = -I../inst/include
PKG_CXXFLAGS = -O3  
CXX_STD = CXX11

当我在我的电脑上安装我的包时 机器，我明白了：

g++ -std=c++0x -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I../inst/include -O3  -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c mycppfunctions.cpp -o mycppfunctions.o
g++ -std=c++0x -shared -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o mycppfunctions.so mycppfunctions.o -L/usr/lib/R/lib -lR

（可怕的-O2 标志出现在右侧）

所以我的问题是：我怎样才能覆盖 当g++ 被R CMD 调用时使用的cpp 标志？

编辑：

最近，在另一个包中，我找到了一种方法 F77 代码（也在 R 包中）类似的东西。 基本上，通过将其添加到Makevars:

PKG_FFLAGS = $(FPICFLAGS) $(SHLIB_FFLAGS) 
all: $(SHLIB)
otherf77foo.o: otherf77foo.f
    $(F77) $(PGK_FFLAGS) -O3 -pipe -g -c -o otherf77foo.o otherf77foo.f

但我不知道如何对 cpp 代码执行相同操作...

编辑2：

所以，这样做是完全可能的。 Dirk Eddelbuettel 来自他下面的回答中的问题 'b)' 引导我找到解决方案。所以，我所要做的就是 将其放在src/Makevars 文件中：

mycppfoo.o: mycppfoo.cpp
    g++ -std=c++0x -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I../inst/include -fpic  -g -O3 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c mycppfoo.cpp -o mycppfoo.o
    g++ -std=c++0x -shared -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o mycppfoo.so mycppfoo.o -L/usr/lib/R/lib -lR

我的问题解决了！

Answer 1

你不能（根据 Simon Urbanek 不久前对 r-devel 的评论）。

但这并不重要，因为 AFAIK 最右边的值获胜。 R 将其值放在左侧，并允许您将值添加到右侧（例如，通过 CXX_FLAGS 从包中的 ~/.R/Makevars 或 PKG_CXXFLAGS 到 src/Makevars）。

所以只需用-O3 覆盖，它应该是-O3。

对于它的价值，我在~/.R/Makevars 中的当前值是：

CFLAGS +=              -O3 -Wall -pipe -pedantic -std=gnu99
CXXFLAGS +=            -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic

您当然可以输入 -mnative 或您的特定 CPU 标识符。

最后，如果你真的想要，你可以编辑/etc/R/Makeconf，但你必须这样做 每次升级 R 包后。正如我在这里所说的，你不需要这样做，因为这里建议的方案应该可以工作。

编辑：回应您的编辑：

a) 关于 r-devel 的明确建议（请查看档案）是，如果可以的话，您应该避免使用 Makefile 逻辑。 IIRC 这在编写 R 扩展手册中得到了回应。

b) 您声明了从.f（源）文件构建.o（对象）文件的规则。你试过用 cpp 而不是 f 做同样的事情吗？

最后，如果您的文件是使用 -O2 而不是 -O3 构建的，那么您还没有准确解释为什么世界即将结束。您应该明白，作为源代码的作者，您无法完全控制人们将使用哪些编译器选项（更不用说编译器版本）来构建您的包。

Answer 2

newedit：好吧，我是个傻瓜。它解决了Rcpp 的问题（我不关心），但它不适用于我关心的github.com/ohdsi/cyclops.git 包。那个仍然得到-O2 卡在最右边。这是荒唐的。对命令行参数的控制可能是整个操作中最重要的部分。 R 需要更好的构建系统。

编辑：当然，经过几天的麻烦，我在发布后立即弄清楚了。我的问题是我使用了CXX_STD = CXX11 标志。显然使用这个标志你需要使用CXX11FLAGS += ...。因此，如果您的 Makevars 文件包含 CXX11FLAGS += -O0 -Wall，如果您使用的是 C++11，它将正确地将其放在 -O2 标志的右侧。

无论我做什么，我都无法让 -O0 出现在右侧。我的~/.R/Makevars 中有以下内容：

CFLAGS +=       -O0 -Wall
CXXFLAGS +=     -O0 -Wall
CPPFLAGS +=     -O0 -Wall

PKG_CFLAGS +=       -O0 -Wall
PKG_CXXFLAGS +=     -O0 -Wall
PKG_CPPFLAGS +=     -O0 -Wall

我已经从源代码安装了Rcpp（作为测试......我直接对它不感兴趣）使用

install.packages(getwd(), repos = NULL, type = "source")

这确实正确使用了-O0。

使用我当前的配置，我最终会在左侧获得三个不同的 -O0，在右侧获得最后一个 -O2。有没有其他人遇到过这个问题？

我正在安装的软件位于 github.com/ohdsi/cyclops.git，但我不确定这有什么重要意义。