结合 R + awk + bash 命令答案

【问题标题】：Combining R + awk + bash commands结合 R + awk + bash 命令
【发布时间】：2012-03-02 10:24:18
【问题描述】：

我想结合 awk 和 R 语言。问题是我在指定目录中有一组 *.txt 文件，并且我不知道文件头的长度。在某些情况下，我必须跳过 25 行，而在其他情况下，我必须跳过 27 行等。所以我想键入一些 awk 命令来获取要跳过的行数。一旦我有了这个值，我就可以开始用 R 处理数据了。

此外，在 R 文件中，我将 R 与 bash 结合起来，因此我的代码如下所示：

!/usr/bin/env Rscript
...
argv <- commandArgs(T)
**error checking...**
import_file <- argv[1]
export_file <- argv[2]
**# your function call**
format_windpro(import_file, export_file)

我可以在哪里以及如何输入我的 awk 命令。谢谢！

我尝试按照您告诉我的有关 awk 命令的操作，但仍然出现错误。该程序无法识别我的命令，因此我无法输入要跳到我的函数的行数。这是我的代码：

**nline

nline

我在第一列中查找模式 m/s 以了解我的标题文本在哪里。我在 w7 下使用 R。

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

除了 Vincent 提示使用 system("awk ...", intern=TRUE) 之外，您还可以使用 pipe() 函数，它是通常文本连接的一部分：

R> sizes <- read.table(pipe("ls -l /tmp | awk '!/^total/ {print $5}'"))
R> summary(sizes)
       V1          
 Min.   :       0  
 1st Qu.:     482  
 Median :    4096  
 Mean   :   98746  
 3rd Qu.:   13952  
 Max.   :27662342  
R>

在这里，我将一个命令输入awk，然后从awk 读取所有输出，这也可以是一行：

R> cmd <- "ls -l /tmp | awk '!/^total/ {sum = sum + $5} END {print sum}'"
R> totalsize <- scan(pipe(cmd), quiet=TRUE)
R> totalsize
[1] 116027050
R>

【讨论】：

【解决方案2】：

您可以使用system 从 R 运行外部程序。

system("gawk --version", intern=TRUE)

【讨论】：

但是我在哪里使用它，在我的脚本或我的 SAmpleStatus.r 文件中。它是如何运行的？你能更精确一点吗？谢谢
你可以在你的R脚本中使用它来调用你的awk脚本（当然你需要替换--version）；它以字符串向量的形式返回 awk 脚本的输出。