使用 echo 和 system 在 C 中运行软件

Question

我正在尝试运行一个名为 BLASTP 的生物程序，它接收两个字符串（代码中的 fasta_GWIDD 和 fasta_UNIPROT）并比较它们。我遇到的问题是在代码中使用了 echo/system。谁能建议我错过了什么？

    for(i=0;i<index1;i++)
    {
        sprintf(fasta_GWIDD,">%s\\n%s\n",fasta_name1[i],fasta_seq1[i]);
        setenv("GwiddVar", fasta_GWIDD, 1) ;
        sprintf(fasta_UNIPROT,">%s\\n%s\n",fasta_name2[i],fasta_seq2[i]);
        setenv("UniprotVar", fasta_UNIPROT, 1) ;
        system("blastp -query <(echo -e $GwiddVar) -subject<(echo -e $UniprotVar)");
    }

错误是：

sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `('
sh: -c: line 0: `blastp -query <(echo -e $GwiddVar) -subject<(echo -e $UniprotVar)'

Answer 1

好像shell看不懂

<(echo -e $GwiddVar)

语法。请注意，system 命令可能使用不同于您习惯的 shell（例如 csh 而不是 bash，等等）。一切都在你的操作系统配置文件和配置文件的某个地方，但我猜不出你有什么。

顺便说一句。我认为您应该能够通过以下任一方式检查system() 命令正在使用哪个shell：

system("echo $SHELL")  // should simply write the path to current shell
system("ps -aux")      // look at it and find what is the parent of the PS

等等

考虑到这在某些 shell 上是正确的：

blastp -query <(echo -e $GwiddVar) -subject<(echo -e $UniprotVar)

上面引用的语法显然只是为了将变量作为输入传递。我认为你做得过火了。您正在使用echo -e $GwiddVar 来打印和捕获数据，这些数据已经在您手头的变量中。您是否尝试过以下简单的方法：

blastp -query $GwiddVar -subject $UniprotVar

我不知道您尝试使用哪个 shell，但考虑到 echo 获取了它的数据，那么它应该完全相同。

如果你担心空格，那么各种shell通常允许你使用引号：

blastp -query "$GwiddVar" -subject "$UniprotVar"

当然取决于shell。如果你的程序使用不喜欢引号的shell，那么你必须适应它。不是你的shell，而是system()使用的shell。

另一件事是使用system 非常粗糙。当您有难以正确转义的参数时，您应该使用其他函数 like execve 能够获取一组真正的原始直接字符串并将它们作为 ARGV 直接传递给进程。使用这些，您将不需要（也不应该）在要传递的字符串中添加任何引号或转义任何空格。

sprintf(fasta_GWIDD,">%s\\n%s\n",fasta_name1[i],fasta_seq1[i]);
sprintf(fasta_UNIPROT,">%s\\n%s\n",fasta_name2[i],fasta_seq2[i]);

char** args = .....; // allocate an array of char*[5], malloc, or whatever
args[0] = "blastp";
args[1] = "-query";
args[2] = fasta_GWIDD;
args[3] = "-subject";
args[4] = fasta_UNIPROT;

int errcode = execve(4, args, null);
if( errcode ) ... // check the error (if any) and react

但是！请注意， execve 来自 exec 系列，因此它会替换您当前的进程。这就是为什么我只写一个草图而不显示整个准备运行的代码。您可能需要在它之前fork()，然后等待外循环中的孩子。

所以，我先检查一下 shell 和语法；）

Answer 2

来自man 3 system：

DESCRIPTION
    system()  executes a command specified in command by calling /bin/sh -c
    command, and returns after the command has been completed.

在许多系统上，/bin/sh 不是bash，即使是，它也是bash 的不同配置（如果bash 被调用为/bin/sh，它的操作通常会有所不同）。因此，您将bash 语法传递给不是bash 或不允许bash-isms 的完整集的shell...此外，-system 之后可能缺少一个空格令人困惑的事情...而且，我不完全确定环境变量在system() 字符串中扩展...