Bash 脚本通过占位符循环遍历 netCDF 文件并使用 cdo 命令

Question

我想循环浏览 40 个 netCDF 文件。有 20 个带有变量 PRECC 的文件和 20 个带有变量 PRECL("modelmember001.PRECC.192001-200512.nc", "modelmember002.PRECC.192001-200512.nc", ... ,"modelmember020.PRECC.192001-200512.nc" 和 PRECL 的文件）。

我需要使用循环执行多个 cdo（气候数据运算符）命令（添加 PRECC 和 PRECL 文件，并将时间序列从 1920-2005 更改为 1955-2005）。

这是我使用的代码：

  datadir="path_to_mydatat"
    workdir="path_to_folder_for_newfiles"
    members="{001 .. 020}"

    for model in $members
    do

    echo 'working with model' ${model}

    echo cdo -s add ${datadir}/modelmember${members}.PRECC.192001-200512.nc${datadir}/modelmember${members}.PRECL.192001-200512.nc ${workdir}/modelmember${members}PRECT.192001-200512.nc
    # echo cdo -s selyear,1955/2005 ${workdir}/modelmember${members}.PRECT.192001-200512.nc ${workdir}/modelmember${members}.PRECT.195501-200512.nc

最终我需要 20 个名称为

的文件

"modelmember001.PRECT.195501-200512.nc", "modelmember002.PRECT.195501-200512.nc", ... , "modelmember020.PRECT.195501-200512.nc"

这是我在运行代码时得到的结果（故意在 cdo 行前面加上“echo”）：

$./cdo_add.sh

{001 .. 020}

working with model {001

cdo -s add /path_to_mydatat/modelmember{001 .. 020}.PRECC.192001-200512.nc         /path_to_mydatat/modelmember{001 .. 020}.PRECL.192001-200512.nc  /path_to_folder_for_newfiles/modelmember{001 .. 020}.PRECT.192001-200512.nc

working with model ..

cdo -s add /path_to_mydatat/modelmember{001 .. 020}.PRECC.192001-200512.nc /path_to_mydatat/modelmember{001 .. 020}.PRECL.192001-200512.nc /path_to_folder_for_newfiles/modelmember{001 .. 020}.PRECT.192001-200512.nc

working with model 020}

cdo -s add /path_to_mydatat/modelmember{001 .. 020}.PRECC.192001-200512.nc /path_to_mydatat/modelmember{001 .. 020}.PRECL.192001-200512.nc /path_to_folder_for_newfiles/modelmember{001 .. 020}.PRECT.192001-200512.nc

我的代码似乎没有遍历成员。我使用占位符“成员”的方式有问题，但我不知道如何解决它。 有人有建议吗？ 干杯！

Answer 1

您的代码似乎没有循环，因为您不能将大括号扩展分配给变量并期望它在for 循环中替换时会扩展。下面将文字字符串"{001 .. 020}"保存到变量members中，例如

members="{001 .. 020}"

当您在for model in $members 中使用members 时，会发生正常的分词，因为它只是一个字符串，并且您使用001 循环一次，然后使用..，最后使用020——这不是预期的来自001, 002, 003, ... 020 的序列。 （数字和.. 之间不应有空格开头——但这仍然不允许您在变量中使用扩展）

要正确使用扩展，请完全摆脱 members 变量并在循环中使用 {001..020}，例如

for model in {001..020}   ## (notice NO space between 001 and ..)

示例：

$ for m in {001..020}; do echo $m; done
001
002
003
004
005
006
007
008
009
010
011
012
013
014
015
016
017
018
019
020

这将允许您循环使用model 中的序列。

根据 cmets 中的对话，我知道您有 40 个文件，前缀为 modelmemberXXX（其中 XXX 是 001-020），后跟 .PRECC* 或 .PRECL*（每个文件 20 个文件）协调将匹配对馈送到 cdo 命令。虽然首选的方法是循环一个匹配的 glob，例如for i in modelmember*.PRECC*; do，你也可以使用大括号展开方式，例如

for i in {001..020}
do 
    a=$(echo modelmember${i}.PRECC*)
    b=$(echo modelmember${i}.PRECL*)
    if [ -e "$a" ] && [ -f "$b" ]
    then
        printf "%s\n%s\n\n" "$a" "$b"
    fi
done

（注意[ -e "$a" ] && [ -f "$b" ] 测试只是确保在继续执行命令之前对中的两个文件都存在（printf 此处））

示例输出

modelmember001.PRECC.192001-200512.nc
modelmember001.PRECL.192001-200512.nc

modelmember002.PRECC.192001-200512.nc
modelmember002.PRECL.192001-200512.nc

modelmember003.PRECC.192001-200512.nc
modelmember003.PRECL.192001-200512.nc
...
modelmember020.PRECC.192001-200512.nc
modelmember020.PRECL.192001-200512.nc

您只需在循环中使用$a 和$b 以及您需要的任何cdo_cmd。 （如 cmets 中所述，您需要切换到包含文件的目录，或在文件名前加上 path/to/the/files）

首选方式

而不是使用大括号扩展，可能更喜欢循环一组（PRECC 或PRECL），验证另一个存在，然后执行命令，例如

for i in modelmember*.PRECC* 
do
    b="${i/PRECC/PRECL}"
    if [ -e "$i" ] && [ -f "$b" ]
    then
        printf "%s\n%s\n\n" "$i" "$b"
    fi
done

（相同的输出）