R：致命错误：为“-e”创建临时文件失败答案

【问题标题】：R: Fatal error: creating temporary file for '-e' failedR：致命错误：为“-e”创建临时文件失败
【发布时间】：2018-08-08 01:29:23
【问题描述】：

sessionInfo()

R 版本 3.5.1 (2018-07-02) 平台：x86_64-apple-darwin15.6.0 （64 位）运行于：macOS High Sierra 10.13.3

library(parallel)
makeCluster(detectCores() - 1)

R 中的输出：

致命错误：为“-e”创建临时文件失败

我该如何解决这个问题？谢谢！

【问题讨论】：

如果您的操作系统在创建新文件时遇到问题，您将收到此错误。尝试在/tmp、/home/youruser/ 和/var/tmp 下创建一个新的临时文件touch foo.txt，其中 R/Rscript 保存其暂存文件。检查您的硬盘驱动器是否已满，或者您的硬盘驱动器是否处于只读模式或其他原因 Rscript 由于更改了目录权限而无法创建新的临时代码文件。

标签： r linux temporary-files

【解决方案1】：

parallel 包似乎将 tmp 文件保存到 /var/tmp/。错误Fatal error: creating temporary file for '-e' failed 似乎与此位置的访问问题有关。我能够通过启用此文件夹的权限来解决问题（在我的情况下，通过将位置安装在 Docker/Singularity 映像中）。

【讨论】：

【解决方案2】：

您能否确认基于Seurat-included 示例数据的代码有效。

例如，以下是否有效？

library(Seurat)
res <- ScaleData(object = pbmc_small, vars.to.regress = c("nUMI"))
#Regressing out: nUMI
#  |======================================================================| 100%
#Time Elapsed:  2.64941716194153 secs
#Scaling data matrix
#  |======================================================================| 100%

【讨论】：

它也显示了致命错误。这就是为什么我无法弄清楚出了什么问题。可能不是因为 Seurat 包。相反，可能是因为我在 R 或 Mac 中的设置？
@realm 是的，可能存在更大/不同的问题。您可以在错误发生后运行traceback() 并将输出包含在您的原始问题中吗？
这里是输出： 6: socketConnection("localhost", port = port, server = TRUE, blocking = TRUE, open = "a+b", timeout = timeout) 5: newPSOCKnode(names [[i]], options = options, rank = i) 4: makePSOCKcluster(names = spec, ...) 3: parallel::makeCluster(num.cores) 2: RegressOutResid(object = object, vars.to.regress = vars.to.regress，genes.regress =genes.use，use.umi = use.umi，model.use = model.use，display.progress = display.progress，do.par = do.par，num.cores = num.cores) 1: ScaleData(object = pbmc, vars.to.regress = c("nUMI", "percent.mito"))
@realm 不要在 cmets 中发布代码/错误（cmets 是暂时的）。我已将 traceback 输出添加到您的原始帖子中。
@realm 所以似乎是在使用parallel 设置并行化时产生了错误。 makeCluster(detectCores() - 1) 在 R 终端中给出了什么？