无法将 ./oceanG 链接到 netcdff5.so答案

【问题标题】：Unable to link ./oceanG to netcdff5.so无法将 ./oceanG 链接到 netcdff5.so
【发布时间】：2013-05-26 11:30:17
【问题描述】：

我正在研究 ROMS 建模。我刚刚在 linux 集群上安装了 Openmpi。我也相应地调整了 LD_LIBRARY_PATH。我现在面临一个独特的问题。

当我从 bash shell 中给出 mpirun -np 4 ./oceanG ocean.in 时，它可以很好地运行模型。但是，批处理文件中的相同命令无法将 ./oceanG 链接到 netcdff5.so。

我收到以下错误消息。

./oceanG：加载共享库时出错：libnetcdff.so.5：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录 ./oceanG：加载共享库时出错：libnetcdff.so.5：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录 ./oceanG：加载共享库时出错：libnetcdff.so.5：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录 ./oceanG：加载共享库时出错：libnetcdff.so.5：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录

我的 PBS 文件如下

#!/bin/bash
#$ -N Upwelling_test
#$-l qname=long_4.q
#$ -cwd
#$ -pe mpich 4
 LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/openmpi/lib:/opt/intel/netcdf4.1.3/lib:/opt/intel/Compiler/11.0/081/lib/intel64:
 /opt/intel/openmpi/bin/mpirun -np 4 ./oceanG  ocean.in

寻找解决这个奇怪问题的方法

【问题讨论】：

标签： openmpi pbs

【解决方案1】：

您应该尝试在LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/... 之前添加export。

如果没有export 关键字，脚本中设置的变量将不会传递给脚本启动的任何进程。

【讨论】：

【解决方案2】：

我有同样的问题。甚至我把export放在LD_LIBRARY_PATH之前。

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

它在交互模型中工作，但在提交到集群时出现错误“加载共享库时出错：libnetcdff.so.5: 无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录”。

【讨论】：