.pbs 文件中的幼稚并行化

Question

是否可以跨 PBS 文件中的 for 循环进行并行化？

下面是我的尝试.pbs 文件。我想分配 4 个节点并同时为每个节点分配 16 个进程。我已经成功完成了这项工作，但现在我有 4 个工作，我想向每个节点发送一个工作。 （我需要这样做，因为排队算法会让我等待几天才能在我正在使用的集群上提交 4 个单独的作业）

#!/bin/bash
#PBS -q normal
#PBS -l nodes=4:ppn=16:native
#PBS -l walltime=10:00:00
#PBS -N HuMiBi000
#PBS -o HuMiBi.000.out
#PBS -e HuMiBi.000.err
#PBS -A csd399
#PBS -m abe
#PBS -V

./job1.sh
./job2.sh
./job3.sh
./job4.sh

作业独立运行，不使用相同的数据。我可以从同一个 pbs 脚本为每个节点运行 1 个作业吗？

谢谢。

Answer 1

实现此目的的标准方法是通过消息传递接口 (MPI) 库。 Open MPI 是您可以使用的一个很好的实现。可以在here 找到一些基本示例，如果您想了解更多信息，这是 OpenMPI 的tutorial。