多个 qsub 命令同时答案

【问题标题】：multiple qsub commands simultaneously多个 qsub 命令同时
【发布时间】：2016-10-14 00:39:56
【问题描述】：

我正在使用我部门的计算集群和 Sun Grid Engine。

当我必须运行多个 R 作业时，我通常编写名称为 s01.sh、s02.sh、...、s50.sh 的 shell 脚本文件，它们具有 'R CMD BATCH r01.r'、'R CMD BATCH r02.r'、...、'R CMD BATCH r50.r' 作为其内容。

然后我打开“PUTTY”，登录，然后必须输入“qsub s01.sh”、“qsub s02.sh”......等等。

如果有数百个作业，手动键入数百个作业是一项真正的劳动。有没有办法同时运行多个 'qsub' 命令？

【问题讨论】：

标签： hpc pbs qsub torque

【解决方案1】：

假设要运行的脚本在当前文件夹中：

for file in s*.sh; do qsub $file; done

【讨论】：

【解决方案2】：

我认为您只需要按顺序运行qsub 命令，因为qsub 本身应该相当快。（提交的命令可能会并行运行。）

你只需要一个循环。

假设您已经创建了 r*.r 文件，这很容易用一个小的 shell 脚本来完成：

#!/bin/bash

for file in r*.r ; do
    script=$(echo $file | sed 's/^r/s/;s/\.r$/.sh/')
    (   
        echo "#/bin/sh"
        echo "R CMD BATCH $file"
    ) > $script
    chmod +x $script
    qsub $script
done

【讨论】：

谢谢，但我还是什么都不懂。那么，我应该直接键入代码，还是应该制作一个 blahblah.sh 文件并将您的代码包含到 .sh 文件中？
@user67275：后者更容易。创建一个名为submit-jobs.sh 的脚本，其中包含我编写的命令，运行chmod +x submit-jobs.sh，然后运行该脚本。（请注意，我没有测试过它；我的系统上没有qsub。）