如何解决提交数组作业时出现的错误？

Question

我是一名生物系的学生，这是第一次在服务器上运行阵列作业，所以请耐心等待。 我正在尝试提交 PBS 脚本以对每个输入文件执行爆炸任务。我的输入文件名是 file1.fa file2.fa file3.fa file4.fa file5.fa file6.fa。 PBS 脚本如下：

#!/bin/bash
#PBS -N run_x3
#PBS -l ncpus=4
#PBS -l mem=30G
#PBS -l walltime=200:00:00
#PBS -J 1-6
#PBS -o stdout_file
#PBS -e stderr_file

cd /home/mary/software/ncbi-blast-2.2.30+/bin
./blastx -query file_${1 2 3 4 5 6}.fa -db uni_database -out blast_file{1 2 3 4 5 6}.xml -evalue 1e-3 -outfmt 5 -show_gis -num_alignments 15 -num_threads 3

我以 qsub run_x3.sh 运行该作业。但出现以下错误： /var/spool/torque/mom_priv/jobs/1007-1.chpc.SC：第 12 行：file_${1 2 3 4 5 6}.fa：替换错误

如果您能帮我解决问题，我将不胜感激。另外，如果 PBS 文件有问题，请告诉我。正如我之前提到的，我没有足够的计算机知识来解决此类问题。

非常感谢您并期待您的回音。

最好， 玛丽

Answer 1

我假设您打算使用 ${1 2 3 4 5 6} 对正在执行的数组 id 进行评估。如果是这样，您可以使用 $PBS_ARRAYID：

./blastx -query_file_${PBS_ARRAYID} ...

这将为您的工作 1 提供 1，为工作 2 提供 2，等等。具体来说，不要放

./blastx file1.fa

写

./blastx file${PBS_ARRAY_ID}.fa

使其对每个作业运行都是唯一的。