我无法在 Debian(Ubuntu) 中运行可在 Redhat(Centos) 中运行的 C++ 程序

Question

TLDR：在 Ubuntu Debian 的 Centos Redhat 中编译 C++ 程序时遇到问题。在这两者之间我应该注意什么会使使用相同编译器编译的 C++ 程序不起作用？

您好，我正在尝试编译和运行 Germline (http://www1.cs.columbia.edu/~gusev/germline/)。它在 RedHat Centos 中运行良好，但是对于我切换的大多数东西，Centos 的支持不如 Ubuntu。现在这个程序不起作用。它完全有可能使用某种仅限 RedHat 的功能，但我使用相同的编译器 (g++) 在两种环境中编译它。

我一直在努力让这个东西在 Ubuntu 上工作，因为它更好用，但现在当我在 ubuntu 中“制作所有”项目时，它会编译和测试永远旋转（永远不要完成）。无论我使用什么二进制文件（在 Centos 中编译并复制，我刚才提到的失败的测试二进制文件等），程序总是会冻结。

有点长，抱歉。我的主要问题是：我可以尝试其他 C++ 编译器替代方案吗？是否有任何我可能缺少的 Red-hat C++ 库。或者可能导致这种情况的 C++ 实现的主要差异？

Answer 1

我看了一下软件。它的输入代码有点脆弱，我不确定 Ubuntu 或 Red Hat 的 C++ 库在这种情况下是否有问题，但该程序可以很容易地修复以在两者上运行。

在文件PEDIndividualsExtractor.cpp，函数void PEDIndividuasExtractor::loadInput()中，改行：

while (!stream.eof() )

到：

while (stream)

然后重新编译。

Answer 2

使用while(!stream.eof()) 是一个常见错误。如果语句stream.eof() 为真，则不一定意味着对流的最后一次操作成功。

这里有几个用 GNU g++4.6 编译包的 bash 脚本：

wget http://www1.cs.columbia.edu/~gusev/germline/germline-1-5-1.tar.gz
tar -xzvf germline-1-5-1.tar.gz
cd germline-1-5-1/
perl -p -i.bak -e's/!stream\.eof\(\)/stream/g' PEDIndividualsExtractor.cpp
perl -p -i.bak -e's/!stream_sample.eof\(\)/stream_sample/g' HMIndividualsExtractor.cpp
make all
cat test/generated.out

Answer 3

您应该指定第一个错误的真正含义，您没有提供足够的信息来说明问题所在，但是我猜想缺少依赖项。

任何像样的包都带有一个依赖列表，你检查过这个并检查过需求吗？

在没有需求和依赖列表的情况下，在这种情况下一个好的经验法则是检查第一个错误是什么并修复它。例如，如果第一个错误显示“缺少傻瓜.h”，那么您需要为该机器安装“傻瓜”。

Answer 4

1. 将make all 作为自己的步骤，然后检查所有编译是否正常。
2. 运行make tests，然后检查哪些测试失败。

这些是您的第一步，可能会帮助您完成大部分工作。

正如 PenguinCoder 上面所说，您需要检查 Ubuntu 和 Redhat 之间的编译器版本是否相同。每次在gcc 进行大版本升级时，我都会遇到一些（小）问题。

Answer 5

如果只需要在 Ubuntu 上使用该程序，可以将程序配置为--static 编译成静态可执行文件，然后将可执行文件复制到 Ubuntu。

或者，您可以使用ldd 命令找出动态可执行文件链接到的.so 文件，并将这些.so 文件复制到动态可执行文件的同一目录下，然后放到Ubuntu 上运行。您也可以将.so文件放在另一个目录中，并使用LD_LIBRARY_PATH帮助可执行文件找到.so文件。