【发布时间】：2014-03-04 16:45:36
【问题描述】：
在 Needleman-Wunsch 和 Smith-Waterman 中，实现回溯的最佳方式是什么？我们是否通常保留两个矩阵，一个与每个条目的前任？也就是说，每个条目将是 UP、DIAG 或 LEFT。还是有更简单、更节省空间的方法来进行回溯？我了解算法以及如何获得最高分，但不了解追溯。谢谢！
【问题讨论】：
标签： bioinformatics
【发布时间】：2014-03-04 16:45:36
【问题描述】：
使用 2 个矩阵会起作用，但这是一种天真的方法，尤其是在大小或内存是一个问题的情况下。问题是 2 个单独的矩阵空间效率低。
由于 N-W 中的回溯只有 3 个可能的方向，而 S-W 中只有 4 个可能的方向（您需要添加 STOP），您可以将每个方向存储为 2 位。如果您的分数足够小，您可以将相应矩阵单元格的两个值打包到一个矩阵的单个单元格中，然后进行位掩码以获得分数和回溯方向。
或者，如果您仍然想要 2 个矩阵，则没有理由为回溯矩阵占用这么多空间。您仍然可以打包回溯矩阵，以便 4 个回溯位置位于字节矩阵的单个单元格中。 （您必须进行类似的位掩码）。
【讨论】：
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我通过存储值来自哪里的数组索引来实现它。
我的理解是肯定的，你确实需要 2 个矩阵。
然后你从右下角往回追溯。见http://en.wikipedia.org/wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm
【讨论】：
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您在全局对齐中从右下角回溯，例如 Needleman–Wunsch。您可以从 Smith-Waterman 矩阵中的最大值追溯。