错误：命令“gcc”失败，退出状态为 1，安装 Fiando（Python 包）

Question

我正在尝试安装 fatiando，一个用于 Python 的地球物理建模包。 我有一台装有 OS X v10.9.5 的 Mac。通过遵循package site 上建议的推荐安装，我获得了 Fiando 的所有依赖项（通过 Anaconda）。我已经安装了 Xcode。

我收到警告列表和最终错误消息：

    fatiando/gravmag/_polyprism.c:349:10: fatal error: 'omp.h' file not found

    #include "omp.h"

             ^

    1 warning and 1 error generated.

    error: command 'gcc' failed with exit status 1

    ----------------------------------------
    Command "//anaconda/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-QFjo6d-build/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-CY4vyX-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-QFjo6d-build
Macintosh-5:fatiando matteoniccoli$ 

可以在here 找到完整的终端输出（1100 多行）。

我已经联系了开发者，这似乎不是 Fiando 的问题。

有什么建议吗？

更新，3 月 15 日

当我第一次发布这个时，我没有 Xcode，然后我从 Apple 商店下载了最新的 Xcode。再次尝试，得到相同的消息。然后我看了this，从here下载了gcc，直接安装了。当我在终端上输入：gcc --version 时，我得到：i686-apple-darwin11-llvm-gcc-4.2 (GCC) 4.2.1 (Based on Apple Inc. build 5658) (LLVM build 2335.15.00) 不过，在那之后，我仍然收到类似的消息。在另一个stackoverflow领导之后，我尝试从here安装setuptools 使用 curl https://bootstrap.pypa.io/ez_setup.py -o - | Python 现在，当我尝试安装 fatiando 时，我得到了一个不同的错误（在长输出的末尾）：

fatiando/gravmag/_polyprism.c:349:10: fatal error: 'omp.h' file not found

    #include "omp.h"

             ^  

    1 warning and 1 error generated.  

    error: command '/usr/bin/clang' failed with exit status 1

    ----------------------------------------

    Command "//anaconda/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/private/var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-build-m1ieVO/fatiando/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-9wI6Z7-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /private/var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-build-m1ieVO/fatiando

论坛中有人通过电子邮件问我： Re Fiando，您是否安装了 Xcode 命令行工具？例如看到这个 http://railsapps.github.io/xcode-command-line-tools.html

但是当我尝试验证我是否按照那里的建议成功安装了 Xcode 命令行工具时，我得到了这个，所以我认为这不是问题：

-bash: /Library/Developer/CommandLineTools: is a directory

3 月 16 日更新 Leo Uieda 建议的尝试解决方案。

pip install --upgrade https://github.com/fatiando/fatiando/archive/kill-omp.zip 没有问题，但是

pip install --upgrade https://github.com/fatiando/fatiando/archive/master.zip 让我回到第 1 格：

...
...    
fatiando/gravmag/_polyprism.c:349:10: fatal error: 'omp.h' file not found

        #include "omp.h"

                 ^

        1 warning and 1 error generated.

        error: command '/usr/bin/clang' failed with exit status 1

        ----------------------------------------
        Rolling back uninstall of fatiando

Answer 1

这是 Fiando 安装的一个非常常见的问题，尤其是在 Windows 和 Mac 上。在 PR 106 中为 fatiando.gravmag 正向建模模块引入了 OpenMP。它很容易实现（只需将range(ndata) 替换为prange(ndata)），并且与顺序执行相比，速度提高了1.5-2 倍。此外，并行执行是自动的。所以当时这似乎是一个很好的权衡（“只需安装一个额外的依赖项？会出什么问题？”）。

当 Anaconda gcc 和默认的 Mac gcc 没有随 OpenMP 提供时，问题就开始了。因此，Windows 用户必须安装额外的依赖项（以非常特定的顺序，如撒旦仪式），而 Mac 用户必须自谋生路。

OpenMP 和已编译的 Cython 模块将从 Fiando (#169) 中删除，优先于 multiprocessing 和 numba。这将使它成为一个纯 Python 包（无需编译），并且大部分安装问题都应该得到解决。

与此同时，PR 177 从 Cython 模块中删除了 OpenMP 要求。这应该可以解决您当前的安装问题。要立即获取更改，您可以通过运行从kill-omp 分支安装版本：

pip install --upgrade https://github.com/fatiando/fatiando/archive/kill-omp.zip

如果上面的命令不起作用，说明pull request已经被合并到了项目的主分支（master）中。如果是这种情况，您可以从master 分支安装最新版本：

pip install --upgrade https://github.com/fatiando/fatiando/archive/master.zip

这些更改将包含在未来的 v0.4 版本中。希望这能解决您的问题。

Answer 2

（知道您使用的是哪个版本的 gcc 会很有用。）

在 v4.9 之前，gcc 不附带 OpenMP。

请参阅this answer 可以帮助您使用 xcode 更新 gcc。