【问题标题】:install error of CASAVA on Ubuntu 12.04LTS在 Ubuntu 12.04LTS 上安装 CASAVA 错误
【发布时间】:2013-01-29 23:02:48
【问题描述】:

我正在尝试在 Ubuntu 12.04 LTS 上安装 CASAVA Bcl2Fastq 1.8.3(为 CentOS 开发)。但是,我收到一条错误消息“不支持 gzip 压缩”并且安装失败。幸运的是,我找到了解决这个问题的方法:

  sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpthread* /usr/lib
  sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libz.so /usr/lib

但现在我收到另一个类似的错误“不支持 bzip2 压缩”。我想知道我是否可以做类似的事情来解决这个错误?

【问题讨论】:

  • 您的系统上安装了 bzip 和 gzip 库吗?您可以发布 gcc 的实际错误输出吗?
  • @niallhaslam,我确定这些库已安装。最后,我通过将 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/ 中的 bzip2 库文件链接到 /usr/lib(如下所示)解决了这个问题。但我仍然无法弄清楚原因。不幸的是,我现在没有错误消息,但它确实没有提供更多信息。

标签: gcc ubuntu gzip bioinformatics bzip2


【解决方案1】:

我终于通过将 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/ 中的 bzip2 库文件链接到 /usr/lib 来解决这个问题:

  sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libbz2* /usr/lib

但我想知道为什么 gcc 无法自动找到库文件,是我的 Unbuntu 安装问题还是 CASAVA Bcl2Fastq 1.8.3 软件不兼容(因为它是在 CentOS 上开发和测试的)?

【讨论】:

    【解决方案2】:

    对于那些返回此问题的人 - 如果您在 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/ 下找不到任何合适的 libbz2* 文件,请尝试:

    sudo apt-get install libbz2-dev libbz2

    【讨论】:

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