将 SpatialPointsDataFrame 与 SpatialPolygonsDataFrame 结合使用错误：超过返回的最大密集矩阵大小

【问题标题】：Combining SpatialPointsDataFrame with SpatialPolygonsDataFrame error: maximum returned dense matrix size exceeded将 SpatialPointsDataFrame 与 SpatialPolygonsDataFrame 结合使用错误：超过返回的最大密集矩阵大小
【发布时间】：2017-07-16 12:34:41
【问题描述】：

我正在尝试在 SpatialPolygonsDataFrame (info) 上组合 1000x1000m 正方形的 SpatialPointsDataFrame（网格），以聚合每个网格正方形内点的所有信息。

我试过代码：

combined <- intersect(info, grid)

但我收到此错误：

Error in RGEOSBinPredFunc(spgeom1, spgeom2, byid, func) : 
  rgeos_binpredfunc_prepared: maximum returned dense matrix size exceeded

还有其他方法可以做我想做的事或解决错误吗？

【问题讨论】：

标签： r polygon spatial intersect

【解决方案1】：

该错误表明您正在用尽内存。一种解决方案是分解数据集并分块进行相交。新的SF 包使使用 dplyr 动词更容易做到这一点。添加一列来定义您的块，然后尝试以下操作：

combined <- info %>%
    group_by(chuncks) %>%
    do(sf::st_intersection(., grid))

为了加快处理速度，您还可以尝试将数据集拆分为一个块列表，然后并行应用 st_intersection 函数。这要快得多。

#import packages
library(foreach)
library(doParallel)

#setup parallel backend to use 8 processors
cl<-makeCluster(4)
registerDoParallel(cl)

tmp <- split(info, info$chunks)

# run using foreach
by.chunk <- foreach(df = tmp) %dopar% {
    sf::st_intersection(df, grid)
}

# combine list of data.frames 
combined <- ldply(by.chunck

【讨论】：