vtk 网格生成会改变坐标吗？答案

【问题标题】：Does vtk mesh generation change coordinates?vtk 网格生成会改变坐标吗？
【发布时间】：2020-03-05 11:45:12
【问题描述】：

我使用 python 实现的 vtk 将 nifti 文件转换为 vtk。主要功能是 vtkMarchingCubes。

contour=vtk.vtkMarchingCubes()

结果 vtk 网格具有正确的形状，但它们的位置似乎发生了变化。例如，当我在同一场景中使用不同的管道 (freesurfer) 使用由完全相同的 nifti 图像制成的 pial 表面加载它们时，结果如下所示。

nifti 的 vtk 转换是否会改变顶点的坐标或以某种方式“重置”它们？

【问题讨论】：

标签： vtk vertex

【解决方案1】：

VTK 的 MarchingCubes 过滤器应在与体积相同的坐标系中生成三角形。唯一的问题是 Nifti 图像还包含图像的坐标系，VTK 可能没有正确使用它。我猜在 Nifti 中有一个转换，VTK 没有正确使用。

尝试使用 Slicer (slicer.org) 或 ITK-Snap (itksnap.org)。它们在维护医学图像的坐标系方面做得更好。

【讨论】：

由于我必须将所有东西都制作成 bash 脚本（和 Python），我不得不使用 VTK。我在 vtkNIFTIImageReader 中找到了 reader.GetQFormMatrix()，它有一些偏移量。我应该为 vtkPolyDataWriter 设置一些选项吗？
我很高兴你知道了。如果你需要它，Slicer 可以用 Python 编写脚本。它没有可加载的模块，因此您必须将 Slicer 作为命令行程序运行，但您可以为其提供一个 python 脚本来执行任何处理，然后在那里写出结果。

【解决方案2】：

是的，VTK 在读取 nifti 时会改变坐标。

-使用 GetQFormMatrix() 获取 Q 矩阵 - 使用 vtkTransform() 变换坐标是必需的。

【讨论】：