如何在linux中使用带有多个变量的for循环答案

【问题标题】：How to use for loop with multiple variables in linux如何在linux中使用带有多个变量的for循环
【发布时间】：2019-01-28 14:08:41
【问题描述】：

我需要为多个文件组合运行一个命令。该命令如下所示：

myscript.pl -output_directory /path/output_"$TARGET_SAMPLE"_vs_"$NORMAL_SAMPLE" -target_sample /path/$TARGET_SAMPLE.bam -normal_sample /path/$NORMAL_SAMPLE.bam

我想为多组样本运行此程序，而不必每次都手动更改路径。现在我在手动运行之前设置了样本，如下所示：

export TARGET_SAMPLE="sample_1"
export NORMAL_SAMPLE="sample_2"

如何运行它以确保 TARGET_SAMPLE 和 NORMAL_SAMPLE 始终正确匹配？对于每个 NORMAL_SAMPLE，我需要使用两个不同的 TARGET_SAMPLE 文件运行脚本两次。我认为使用数组可以工作，但我不知道如何正确地将其输入到 for 循环中。

以下是一些我需要运行的配对示例：

export TARGET_SAMPLE="sample_1"
export NORMAL_SAMPLE="sample_2"

export TARGET_SAMPLE="sample_3"
export NORMAL_SAMPLE="sample_2"

export TARGET_SAMPLE="sample_4"
export NORMAL_SAMPLE="sample_5"

export TARGET_SAMPLE="sample_6"
export NORMAL_SAMPLE="sample_5"

所以这个组合列表的第一个示例输出是在 shell 中提交这些命令：

myscript.pl -output_directory /path/output_sample_1_vs_sample_2 -target_sample /path/sample_1.bam -normal_sample /path/sample_2.bam

第二个是：

myscript.pl -output_directory /path/output_sample_3_vs_sample_2 -target_sample /path/sample_3.bam -normal_sample /path/sample_2.bam

感谢您的帮助。

【问题讨论】：

您可以使用一对数组（即目标和法线），其中对在两个数组中占据相同的位置。
那么这会涉及到两个循环遍历每个数组吗？
很难说你的代码有什么问题，因为你没有提供它或者你遇到的错误。另见How to create a Minimal, Complete, and Verifiable example。 bash shell nested for loop 的可能重复项
我对此没有任何错误，因为我不知道如何创建一个将特定变量配对在一起的 for 循环，而不仅仅是循环一组变量或所有可能的组合。我不认为它是一个简单的嵌套循环，因为我有一个应该一起运行的 TARGET_SAMPLE 和 NORMAL_SAMPLE 可能组合的硬编码列表。
不，只有一个循环。说normal=(n1 n3 n3) 和target=(t2 t3 t4)。两个数组都有三个元素。只要您保持您感兴趣的顺序，您就可以使用变量 n 从 0 循环到长度（正常）并使用 ${normal[n]} 和 ${target[n]} 作为参数。

标签： arrays linux bash for-loop

【解决方案1】：

使用while循环从“here-document”读取多个值的方法1：

export TARGET_SAMPLE NORMAL_SAMPLE

# special characters in the values (eg. space) will cause problems
while read TARGET_SAMPLE NORMAL_SAMPLE ANYTHING_ELSE; do
    # insert sanity checks here
    myscript.pl -output_directory /path/output_"$TARGET_SAMPLE"_vs_"$NORMAL_SAMPLE" -target_sample /path/$TARGET_SAMPLE.bam -normal_sample /path/$NORMAL_SAMPLE.bam
done <<'EOD'
sample_1 sample_2
sample_3 sample_2
sample_4 sample_5
sample_6 sample_5
EOD

方法 1b 与方法 1 相同，但从外部文件读取数据：

# spcial characters in the values (eg. space) will cause problems
cat >mydata <<'EOD'
sample_1 sample_2
sample_3 sample_2
sample_4 sample_5
sample_6 sample_5
EOD

export TARGET_SAMPLE NORMAL_SAMPLE

# normally $ANYTHING_ELSE should be empty but embedded spaces will confuse read
cat mydata | while read TARGET_SAMPLE NORMAL_SAMPLE ANYTHING_ELSE; do
    # insert sanity checks here
    myscript.pl -output_directory /path/output_"$TARGET_SAMPLE"_vs_"$NORMAL_SAMPLE" -target_sample /path/$TARGET_SAMPLE.bam -normal_sample /path/$NORMAL_SAMPLE.bam
done

方法2用shell函数包装：

export TARGET_SAMPLE NORMAL_SAMPLE

wrapper(){
    TARGET_SAMPLE=$1
    NORMAL_SAMPLE=$2
    # insert sanity checks here
    myscript.pl -output_directory /path/output_"$TARGET_SAMPLE"_vs_"$NORMAL_SAMPLE" -target_sample /path/$TARGET_SAMPLE.bam -normal_sample /path/$NORMAL_SAMPLE.bam
}

wrapper "sample_1" "sample_2"
wrapper "sample_3" "sample_2"
wrapper "sample_4" "sample_5"
wrapper "sample_6" "sample_5"

方法3使用for循环遍历多个数组：

Bash 具有索引数组变量，因此可以使用 for 循环，但保持数组同步很容易出错，因此我不推荐它。

【讨论】：

cat file | while read ... 写得更好while read; do ... done < file
方法 1 效果很好，但是有时我必须使用 bsub 将命令提交到 LSF，如果我不使用 export TARGET_SAMPLE="sample_1" 导出变量，它就不起作用，是否有使用方法 1 导出变量的方法？抱歉，如果不是很清楚。
点了。猫旨在作为占位符。它可能是更复杂的东西，比如 grep 的输出或数据库查询或更长的管道。