如何使用 Nibabel 从 Nifti 图像中获取图像强度矩阵？答案

【问题标题】：How to get images intensity matrix from Nifti images with Nibabel?如何使用 Nibabel 从 Nifti 图像中获取图像强度矩阵？
【发布时间】：2017-07-14 11:57:38
【问题描述】：

我是 NiBabel 的新手。我想知道如何使用这个库从 Nifti 图像中获取强度矩阵。我使用以下脚本来获取体素：

import nibabel as ni
example_img = ni.load('myImage.nii')

data = example_img.get_data()

我一开始以为数据包含体素的强度，但是当我打印它时，我看到了负值，在图像中具有负强度似乎很奇怪，你不觉得吗？我需要在 nifti 图像中获取体素的强度，是否可以使用 nibabel？如果没有，你能建议我另一个解决方案吗？谢谢。

【问题讨论】：

标签： python nifti nibabel neuro-image

【解决方案1】：

不确定如何获得负体素值，但这是一种将 NifTi 图像显示为矩阵的方法：

import nibabel as ni
img = ni.load('myImage.nii')

data = example_img.get_data()

mat = []

for i in range(img.shape[0]):
  plane = []
  for j in range(img.shape[1]):
    row = []
    for k in range(img.shape[2]):
        row.append(data[i][j][k])
    plane.append(row)
  mat.append(plane)

现在您可以将变量“mat”打印出来/存储在文本文件中。

【讨论】：

【解决方案2】：

没有。你可以有底片和 nan 。

这些代表大脑外的体素。强度只是

的输出

data = example_img.get_fdata()

注意：使用get_fdata 而不是get_data，始终获取浮点 numpy 数组。

【讨论】：

【解决方案3】：

另一种直接使用的方法是nltools :: Brain_Data 函数将数据直接提取到一维数组中。虽然不是Nibabel但是和你的逻辑差不多。

from nltools.data import Brain_Data
img = Brain_Data('myImage.nii')
data = img.data

【讨论】：

【解决方案4】：

除了 seralouk 在earlier answer, 中所说的之外，由于我们正在处理“nii”nifti 图像，因此体素值可能为负数。例如，如果是 CT 扫描，则每个体素将值存储在 Hounsfield unit 中，此时 0 表示通过水的衰减，而通过空气的衰减为 -1000。

【讨论】：