【发布时间】:2021-02-12 09:33:24
【问题描述】:
我目前正在研究 CS50 问题集https://cs50.harvard.edu/x/2021/psets/6/dna/
问题只是告诉我们在 txt 文件中找到一些连续重复的 DNA 序列,并将总长度与 csv 文件中的人匹配。
这是我目前工作的代码(尚未完成):
import re, csv, sys
def main(argv):
# Open csv file
csv_file = open(sys.argv[1], 'r')
str_person = csv.reader(csv_file)
nucleotide = next(str_person)[1:]
# Open dna sequences file
txt_file = open(sys.argv[2], 'r')
dna_file = txt_file.read()
str_repeat = {}
str_list = find_STRrepeats(str_repeat, nucleotide, dna_file)
def find_STRrepeats(str_list, nucleotide, dna):
for STR in nucleotide:
groups = re.findall(rf'(?:{STR})+', dna)
if len(groups) == 0:
str_list[STR] = 0
else:
str_list[STR] = groups
print(str_list)
if __name__ == "__main__":
main(sys.argv[1:])
输出(from the print(str_list)):
{'AGATC': ['AGATCAGATCAGATCAGATC'], 'AATG': ['AATG'], 'TATC': ['TATCTATCTATCTATCTATC']}
但是如你所见,字典中的值也是连续存储的。如果我想在str_list[STR] = len(groups) 中使用 len 函数,它将为字典中的每个键生成 1。因为我想找出 DNA 重复了多少次(总长度),并将其作为值存储在我的字典中。
所以,我希望它单独存储。有点像这样:
{'AGATC': ['AGATC', 'AGATC', 'AGATC', 'AGATC'], 'AATG': ['AATG'], 'TATC': ['TATC', 'TATC', 'TATC', 'TATC', 'TATC']}
我应该在我的代码中添加什么,以便它们可以用这样的昏迷分开?或者我可以在我的正则表达式代码groups = re.findall(rf'(?:{STR})+', dna) 中添加一些条件?
我不想更改整个正则表达式代码。因为我认为找到连续重复的最大长度的字符串已经很有用了。我为自己可以在没有帮助的情况下获得它感到自豪,因为我是 python 的初学者。请。谢谢。
【问题讨论】:
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只有 PyPi 正则表达式具有每个组支持的捕获堆栈。所以,首先使用
pip install regex,然后使用import regex和groups = [x.captures(1) for x in regex.finditer(rf'({STR})+', dna)]
标签: python python-3.x regex cs50