【问题标题】:glmmPQL crashes on inclusion of corSpatial objectglmmPQL 在包含 corSpatial 对象时崩溃
【发布时间】:2016-07-21 16:03:59
【问题描述】:

Link to data(1170 obs,9 个变量,.Rd 文件)

只需使用readRDS(file) 阅读即可。

我正在尝试使用 MASS 包中的 glmmPQL 函数设置 GLMM,其中包括随机效应部分并考虑空间自相关。但是,R(版本:3.3.1)在执行时崩溃。

library(nlme)

# setup model formula
fo <- hail ~ prec_nov_apr + t_min_nov_apr + srad_nov_apr + age

# setup corSpatial object
correl = corSpatial(value = c(10000, 0.1), form = ~ry + rx, nugget = TRUE,
                    fixed = FALSE, type = "exponential")
correl = Initialize(correl, data = d)

# fit model
fit5 <- glmmPQL(fo, random = ~1 | date, data = d, 
                correl = correl, family = binomial)

到目前为止我尝试了什么:

  • 减少观察次数
  • 使用corSpatial 参数(范围和金块)
  • 减少固定预测变量的数量
  • 在 Windows、Linux (Debian) 和 Mac R 安装上执行代码

虽然我在本地电脑上没有收到错误消息(RStudio 只是崩溃),但在服务器上运行脚本会返回以下错误消息:

R: malloc.c:3540: _int_malloc: Assertion (fwd-&gt;size &amp; 0x4) == 0' failed. Aborted

【问题讨论】:

标签: r glm nlme


【解决方案1】:

我会使用INLA 包对此进行建模,因为它允许使用空间相关的随机效应。所需的代码有点长,无法放在这里。因此我把它放在http://rpubs.com/INBOstats/spde的文档中

【讨论】:

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