错误 R csv：read.table 中的错误（file = file，header = header，sep = sep，quote = quote，：'file' 必须是字符串或连接答案

【问题标题】：Error R csv: Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, : 'file' must be a character string or connection错误 R csv：read.table 中的错误（file = file，header = header，sep = sep，quote = quote，：'file' 必须是字符串或连接
【发布时间】：2016-11-27 16:33:27
【问题描述】：

我正在为 MiRLAB 包的 R 教程苦苦挣扎，尽管我不确定问题是否与包的功能有关。

我想使用函数Pearson()，它只接受.csv 文件。我已经完美地加载了一个文件，但是当我尝试了函数Pearson()（MI、IDA 和 Lasso 也是如此）时，出现了以下错误消息：

read.table 中的错误（文件 = 文件，标题 = 标题，sep = sep，quote = quote, : 'file' 必须是字符串或连接

dataset=read.csv("ArabPrueba1.csv", sep = ";")
cause= 3:23
effect= 24:44
pearson=Pearson(dataset,cause,effect)

关于如何更改文件或命令行以使其被函数识别的任何想法？可能是 csv 文件或其他问题？在本教程的示例中，文件是直接从包中获取的，因此不涉及这种方法。

提前谢谢你

【问题讨论】：

我认为你应该使用：pearson=Pearson("ArabPrueba1.csv",cause,effect)
当我这样做时，出现的错误是：read.table 中的错误（file = file，header = header，sep = sep，quote = quote，：比列名更多的列
尝试使用逗号分隔而不是分号
你的 csv 文件有标题吗？
“read.csv”与分号一起工作得很好，但在函数中使用它时却以某种方式失败。我也试过pearson = Pearson(read.csv("ArabPrueba1.csv", sep = ";"), cause, effect)，但是我得到的错误是Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, : 'file' must be a character string or connection。

标签： r csv

【解决方案1】：

我终于解决了这个问题，即使它看起来不是一个干净的解决方案，它也有效。我想问题是当我把它们带到控制台时，一些额外的“”被添加到原始文件中，所以我重写了文件并将最近创建的文件重新添加到控制台。

RNA <- read.table("RNA.csv", dec = ",", sep = ";", stringsAsFactors = FALSE, header = TRUE, blank.lines.skip = TRUE)
tRNA <- t(RNA)
write.table(tRNA, file = "tRNA_2.csv", quote = FALSE, dec = ".", sep = ",", qmethod = "escape")
tRNAt <- read.csv("tRNA_2.csv")

miRNA <- read.table("miRNA.csv", dec = ",", sep = ";", stringsAsFactors = FALSE, header = TRUE, blank.lines.skip = TRUE)
tmiRNA <- t(miRNA)
write.table(tmiRNA, file = "tmiRNAt.csv", quote = FALSE, dec = ".", sep = ",", qmethod = "escape")
tmiRNAt <- read.csv("tmiRNAt.csv")

dataset <- cbind2(x=tmiRNAt, y = tRNAt)
write.table(dataset, file = "dataset_2.csv", quote = FALSE, dec = ".", sep = ",", qmethod = "escape")

# MiRLAB:
library(miRLAB)
cause = 1:278
effect = 279:length(dataset)
ps = Pearson("dataset_2.csv", cause = cause, effect = effect)

我知道写和读这么多次不是一个好主意，但它实际上是它工作得更好的方式（完全有效）。

感谢您的帮助！

【讨论】：

【解决方案2】：

这是一个例子：

# working:
# create csv file with "," seprator
write.table(x = mtcars, file = "data.csv", sep = ",", row.names = F)
Pearson(datacsv = "data.csv", cause = 2:3, effect = 3:4)

#           cyl      disp
#disp 0.9020329 1.0000000
#hp   0.8324475 0.7909486


# not work:
# create csv file with ";" seprator
write.table(x = mtcars, file = "data1.csv", sep = " ; ", row.names = F, col.names = F)
Pearson(datacsv = "data1.csv", cause = 2:3, effect = 3:4)

内部 read.csv 使用默认分隔符“，” 只需更改您的文件并用逗号替换所有分号

【讨论】：