准备要在 Ubuntu 和 tabix 上运行的 Perl 文件答案

【问题标题】：Preparing a Perl file to run with Ubuntu and tabix准备要在 Ubuntu 和 tabix 上运行的 Perl 文件
【发布时间】：2012-07-31 17:13:52
【问题描述】：

我不了解 Ubunto 或 Perl，但仍需要在其上安装和运行程序。这就是我正在看的：http://vcftools.sourceforge.net/docs.html

在安装部分是这样写的：

要构建 vcftools 可执行文件，请在 vcftools 文件夹中键入“make”。

Perl 脚本要求 VCF 文件使用 bgzip 压缩，并且由 tabix 索引（这两个工具都是 tabix 包的一部分，可用在这里下载）。两个工具都必须位于列出的目录中在 PATH 环境变量中。为了运行 Perl 脚本， PERL5LIB 环境变量必须设置为包含 Vcf.pm 模块

导出 PERL5LIB=/path/to/your/installation/perl

好吧，我提取并复制了他们的 VCFtools 文件夹到 ubuntu 的主文件夹中。然后我说“make”它给出了错误，然后我去下载了那个 tabidx 工具，但是从这一点上我不知道如何处理它，好吧我下载了 tabidx，但是接下来要做什么以及如何做？

谢谢。

【问题讨论】：

接下来，您应该尝试修复您遇到的错误。
如果你有一个普通的 Ubuntu 安装，它甚至没有 make，所以你应该先安装它。 sudo aptitude install build-essential 将引入 make 和其他一些常见的开发工具，但可能会安装更多的东西。
@tripleee ：它说“sudo: aptitude: command not found”

标签： perl ubuntu bioinformatics vcf-variant-call-format vcftools

【解决方案1】：

find / -name Vcf.pm

如果这给出了一个 - 并且只有一行 - 你可以这样做：

export PERL5LIB=$( dirname $( find . -name Vcf.pm ))

【讨论】：

找到两个：“/root/vcftools_0.1.9/lib/perl5/site_perl/Vcf.pm”和“/root/vcftools_0.1.9/perl/Vcf.pm”
@BDotA，我可能会选择site_perl 路径。