【发布时间】:2017-12-13 13:42:02
【问题描述】:
我正在使用 pyVCF 读取 VCF 文件,返回的 sample['AD'] 可以是 list,如 [8, 14] 或 int,如 5。
如果我使用','.join(map(str,sample['AD'])),它将停在int 返回为“TypeError: 'int' object is not iterable”。
如何编写它以在这两种情况下打印它?
回复评论:
只是普通代码。但是VCF文件自带两种AD。
import vcf
vcf_reader = vcf.Reader(filename='xxx.vcf.gz',compressed=True)
for record in vcf_reader.fetch(theChrid):
for sample in record.samples:
【问题讨论】:
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你能改变函数让它总是返回一个列表吗? (所以
[5]现在返回5) -
您使用的是 pyVCF 中的哪个函数?您可以添加代码的相关部分吗?
标签: python types vcf-variant-call-format