Rmarkdown 表中重要值的粗体格式

Question

我想制作一个 r 值的相关矩阵（用于 Pearson 的相关系数），并以编程方式将粗体格式应用于 p 值小于 0.05 或 0.01 或其他值的值。这类表格在科学文献中很常见，因此在使用 Rmarkdown 时有一种简单的方法来生成它们会很有用。例如：

# compute matrix correlation
library(Hmisc)
df3 <- rcorr(as.matrix(mtcars), type="pearson")

# we get a list of three items, first item is df of r values
# third item in df of p values
df3

> df3
       mpg   cyl  disp    hp  drat    wt  qsec    vs    am  gear  carb
mpg   1.00 -0.85 -0.85 -0.78  0.68 -0.87  0.42  0.66  0.60  0.48 -0.55
cyl  -0.85  1.00  0.90  0.83 -0.70  0.78 -0.59 -0.81 -0.52 -0.49  0.53
disp -0.85  0.90  1.00  0.79 -0.71  0.89 -0.43 -0.71 -0.59 -0.56  0.39
hp   -0.78  0.83  0.79  1.00 -0.45  0.66 -0.71 -0.72 -0.24 -0.13  0.75
drat  0.68 -0.70 -0.71 -0.45  1.00 -0.71  0.09  0.44  0.71  0.70 -0.09
wt   -0.87  0.78  0.89  0.66 -0.71  1.00 -0.17 -0.55 -0.69 -0.58  0.43
qsec  0.42 -0.59 -0.43 -0.71  0.09 -0.17  1.00  0.74 -0.23 -0.21 -0.66
vs    0.66 -0.81 -0.71 -0.72  0.44 -0.55  0.74  1.00  0.17  0.21 -0.57
am    0.60 -0.52 -0.59 -0.24  0.71 -0.69 -0.23  0.17  1.00  0.79  0.06
gear  0.48 -0.49 -0.56 -0.13  0.70 -0.58 -0.21  0.21  0.79  1.00  0.27
carb -0.55  0.53  0.39  0.75 -0.09  0.43 -0.66 -0.57  0.06  0.27  1.00

n= 32 


P
     mpg    cyl    disp   hp     drat   wt     qsec   vs     am     gear   carb  
mpg         0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0171 0.0000 0.0003 0.0054 0.0011
cyl  0.0000        0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0004 0.0000 0.0022 0.0042 0.0019
disp 0.0000 0.0000        0.0000 0.0000 0.0000 0.0131 0.0000 0.0004 0.0010 0.0253
hp   0.0000 0.0000 0.0000        0.0100 0.0000 0.0000 0.0000 0.1798 0.4930 0.0000
drat 0.0000 0.0000 0.0000 0.0100        0.0000 0.6196 0.0117 0.0000 0.0000 0.6212
wt   0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000        0.3389 0.0010 0.0000 0.0005 0.0146
qsec 0.0171 0.0004 0.0131 0.0000 0.6196 0.3389        0.0000 0.2057 0.2425 0.0000
vs   0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0117 0.0010 0.0000        0.3570 0.2579 0.0007
am   0.0003 0.0022 0.0004 0.1798 0.0000 0.0000 0.2057 0.3570        0.0000 0.7545
gear 0.0054 0.0042 0.0010 0.4930 0.0000 0.0005 0.2425 0.2579 0.0000        0.1290
carb 0.0011 0.0019 0.0253 0.0000 0.6212 0.0146 0.0000 0.0007 0.7545 0.1290 

然后我可以使用 knitr::kable 来制作一个降价表：

> knitr::kable(df3[[1]])


|     |        mpg|        cyl|       disp|         hp|       drat|         wt|       qsec|         vs|         am|       gear|       carb|
|:----|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|----------:|
|mpg  |  1.0000000| -0.8521619| -0.8475513| -0.7761683|  0.6811719| -0.8676594|  0.4186840|  0.6640389|  0.5998324|  0.4802848| -0.5509251|
|cyl  | -0.8521619|  1.0000000|  0.9020329|  0.8324475| -0.6999381|  0.7824958| -0.5912421| -0.8108118| -0.5226070| -0.4926866|  0.5269883|
|disp | -0.8475513|  0.9020329|  1.0000000|  0.7909486| -0.7102139|  0.8879799| -0.4336979| -0.7104159| -0.5912271| -0.5555692|  0.3949769|
|hp   | -0.7761683|  0.8324475|  0.7909486|  1.0000000| -0.4487591|  0.6587479| -0.7082234| -0.7230967| -0.2432043| -0.1257043|  0.7498125|
|drat |  0.6811719| -0.6999381| -0.7102139| -0.4487591|  1.0000000| -0.7124406|  0.0912048|  0.4402785|  0.7127111|  0.6996101| -0.0907898|
|wt   | -0.8676594|  0.7824958|  0.8879799|  0.6587479| -0.7124406|  1.0000000| -0.1747159| -0.5549157| -0.6924953| -0.5832870|  0.4276059|
|qsec |  0.4186840| -0.5912421| -0.4336979| -0.7082234|  0.0912048| -0.1747159|  1.0000000|  0.7445354| -0.2298608| -0.2126822| -0.6562493|
|vs   |  0.6640389| -0.8108118| -0.7104159| -0.7230967|  0.4402785| -0.5549157|  0.7445354|  1.0000000|  0.1683451|  0.2060234| -0.5696071|
|am   |  0.5998324| -0.5226070| -0.5912271| -0.2432043|  0.7127111| -0.6924953| -0.2298608|  0.1683451|  1.0000000|  0.7940587|  0.0575344|
|gear |  0.4802848| -0.4926866| -0.5555692| -0.1257043|  0.6996101| -0.5832870| -0.2126822|  0.2060234|  0.7940587|  1.0000000|  0.2740728|
|carb | -0.5509251|  0.5269883|  0.3949769|  0.7498125| -0.0907898|  0.4276059| -0.6562493| -0.5696071|  0.0575344|  0.2740728|  1.0000000|

然后我想以某种方式编写一些代码，根据另一个数据框中的值修改特定单元格的降价。例如，在此表中，将对应 p 值

我该怎么做？也许像这样使用 pander：How to bold a cell in a table (kable) in rmarkdown?

Answer 1

我们可以这样做，使用pander:

library(pander)
library(Hmisc)

# compute matrix correlation
df3 <- rcorr(as.matrix(mtcars), type="pearson")

# we get a list of three items, first item is df of r values
# third item in df of p values
df3

# make cells of r values bold if p value is <0.01
emphasize.strong.cells(which(df3[[3]] < 0.001, arr.ind = TRUE))
pander(df3[[1]])

这给出了：

----------------------------------------------------------
          mpg         cyl        disp         hp     
---------- ----------- ----------- ----------- -----------
 **mpg**        1      **-0.8522** **-0.8476** **-0.7762**

 **cyl**   **-0.8522**      1       **0.902**  **0.8324** 

 **disp**  **-0.8476**  **0.902**       1      **0.7909** 

  **hp**   **-0.7762** **0.8324**  **0.7909**       1     

 **drat**  **0.6812**  **-0.6999** **-0.7102**   -0.4488  

  **wt**   **-0.8677** **0.7825**   **0.888**  **0.6587** 

 **qsec**    0.4187    **-0.5912**   -0.4337   **-0.7082**

  **vs**    **0.664**  **-0.8108** **-0.7104** **-0.7231**

  **am**   **0.5998**    -0.5226   **-0.5912**   -0.2432  

 **gear**    0.4803      -0.4927   **-0.5556**   -0.1257  

 **carb**    -0.5509      0.527       0.395    **0.7498** 
----------------------------------------------------------
[output snipped]

当呈现为 HTML 时（将行名也加粗的副作用）：

仅使用 knitr 可以实现这样的事情吗？