如何使用 knitr 比较不同版本 R 的性能？答案

【问题标题】：How to use knitr to compare performance of different versions of R?如何使用 knitr 比较不同版本 R 的性能？
【发布时间】：2013-03-07 12:35:31
【问题描述】：

我想评估一些代码在不同版本的 R 中的性能。原则上这很容易：

开始R
使用system.time() 测量运行一段代码所需的时间
终止R
冲洗并在不同版本中重复

现在，我想使用knitr 创建一个报告来执行此操作。所以，在我看来，我需要一种机制来在每个块中启动一个新会话。

我该怎么做？

一些示例knitr markdown 代码用作演示。这段代码使用ggplot 绘制了一个图形，但显然两个版本都返回相同的时间，因为我不知道如何为每个块启动一个新版本的 R。

Comparison of R performance
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# Do analysis in R version 2.14

```{r fig.width=6, fig.height=3}
library(ggplot2)
data(diamonds)

system.time({
  p <- ggplot(diamonds, aes(carat, price/carat, colour=clarity)) + geom_point()
  print(p)
})
```


# Repeat same analysis in R 2.15

```{r fig.width=6, fig.height=3}
library(ggplot2)
data(diamonds)

system.time({
  p <- ggplot(diamonds, aes(carat, price/carat, colour=clarity)) + geom_point()
  print(p)
})
```

【问题讨论】：

难道你不能只有一个 bash 脚本或诸如此类的东西来完成 R 会话的所有启动/停止，让每个会话将其结果写入文件，然后使用 knitr 读取所有的日志文件并总结结果？没有那么优雅，但可能更准确、更容易。
@AriB.Friedman 是的，可能。但这听起来像是工作！
估计你需要使用system() 来运行另一个R进程...
给我几分钟，我会在knitr 中添加一个Rscript engine。

标签： r knitr

【解决方案1】：

在knitr was easy 中添加Rscript 引擎，但我被an R bug 阻止了。不管怎样，这个引擎从 version 1.1.5 开始就可以使用，并且将作为 1.2 版在 CRAN 上。

现在您可以指定块选项engine='Rscript' 和engine.path='path/to/the/desired/Rscript'。

对于大规模的性能比较，我认为 Ari B. Friedman 在上面的评论中提出的建议是一种更好的方法。如果您有许多代码块进行比较，那么键入引擎路径将非常繁琐。

【讨论】：