在knitr R代码中传递下划线

Question

我需要调用一个在 knitr 中的 R 块中的表名中有下划线的数据库。有几千个表名，更改名称会很麻烦。 比如：

<<classRun,fig=FALSE,print=FALSE,echo=FALSE>>=
getdat = function(nbr1,nbr2){
library(RODBC)
database.dsn1<-c("db")
database.user1<-c("username")
database.password1<-c("password")
channel<-odbcConnect(database.dsn1, database.user1, database.password1)
dat = sqlQuery(channel,paste("select * from table_",nbr1,"_",nbr2, sep=""))
}
@

<< results='asis', echo = FALSE>>=
dat = getdat(10,20)
print(dat)
@

由于“table_10_20”中的下划线，我收到了我缺少 $（“Missing $ inserted”）的错误。我已经玩了很多添加 '\$\' 和 '\$\' 的方法。还使用了 cat()、paste()、单引号和双引号。有什么建议么？在此先感谢您的帮助。我正在运行 Ubuntu 11.10，并使用 pdfLaTeX 从 RStudio 调用 knitr，如果这很重要的话。

Answer 1

您的列名中可能带有下划线。

回想一下，results='asis' 只是将所有输出原样转储到 tex 文档中。

例如，这是您的问题的可重现示例：

% test.Rnw
\documentclass[a4paper]{article}                                                
\begin{document}                                                                
<<classRun, fig=FALSE, print=FALSE, echo=FALSE>>=                               
table_10_20 <- data.frame(col_1=1:10, col_2=runif(10))                          
@                                                                               

<<results='asis', echo=F>>=                                                     
print(table_10_20)                                                              
@                                                                               
\end{document}   

如果我通过knitr 运行它，我会得到“插入的缺失$”。

如果我查看生成的 .tex 文件，我会看到：

% test.Rnw
\documentclass[a4paper]{article}                                                
.... lots of tex ....
\begin{document}

   col_1   col_2
1      1 0.69699
2      2 0.12988
3      3 0.19662
4      4 0.04299
5      5 0.08750
6      6 0.72969
7      7 0.19818
8      8 0.27855
9      9 0.81806
10    10 0.56135

\end{document}

查看列名col_1 和col_2 是如何按原样转储到文件中的？好吧，在 LaTeX 中，下划线具有特殊含义（下标），仅在数学模式下有效，因此 LaTeX 编译器会尝试将数学模式分隔符 ($) 放在单词周围，从而导致错误。

在您的情况下，您有几个选项，具体取决于您想要输出的内容。

1. 使用\begin{verbatim} 和results='asis' 来保护下划线。这会将您的输出转储到 verbatim 环境中。

   \begin{verbatim}
   <<results='asis', echo=F>>=       
   print(table_10_20)                              
   @      
   \end{verbatim}
   

2. 使用results='markup'：这就像一个逐字环境，除了对输出进行sweave 着色。默认情况下，它会在每一行前面放置一个注释标记（##）；删除这个使用comment=NA。 （你看不出这张图片与上面有什么不同；除了它有一个灰色背景以将它与文档的其余部分区分开来之外，它是相同的。它与使用 echo=T 时的标记相同）。

   <<results='markup', comment=NA, echo=F>>=      
   print(table_10_20)  
   @       
   

3. 以上两个只是用字体固定打印您的表格。如果你想要一个适当的乳胶表，你可以使用像xtable 这样的包，它可以将data.frame（和类似的）转换成适当的 LaTeX（或 HTML）标记。我认为还有其他软件包也可以做到这一点，但目前它们逃脱了我的视线。你在这里使用results='asis'。 （有关详细信息，请参阅文档，您确实可以控制表格中打印内容的各个方面以及如何打印）：

   <<results='asis', echo=F>>=      
   library(xtable)      
   print(xtable(table_10_20), include.rownames=FALSE)
   @