错误时从 knitr 获取回溯答案

【问题标题】：get traceback from knitr on error错误时从 knitr 获取回溯
【发布时间】：2014-05-03 08:55:04
【问题描述】：

如何从 knitr 获得更好的错误报告？

例如现在 knitr 退出：

Calls: knit ... lapply -> FUN -> lapply -> FUN -> rename -> <Anonymous>

当我以交互方式运行相同的代码时，R 退出：

Calls: getSampleData ... lapply -> FUN -> lapply -> FUN -> rename -> <Anonymous>

这对于理解问题要好得多——至少我知道哪个函数抛出了错误。

理想情况下，我还希望附加相当于 traceback() 的功能。

【问题讨论】：

听起来像是一个功能请求。我认为一辉确实关注 SO，但我也认为可能有更好的方法让他眼前一亮。

标签： r knitr

【解决方案1】：

您可以设置opts_chunk$set(error = FALSE)，然后在出现错误时就可以运行traceback()。不过，这需要您运行 knitr in an interactive R session。

【讨论】：

【解决方案2】：

对于您实际希望向文档阅读者显示错误的相关问题，我编写了一个包装函数，该函数计算并保存 knitr 文档中的回溯，并替换显示它的 traceback()。代码如下：

saveTraceback <- local({
  savedTraceback <- NULL
  saver <- function(e) {
    calls <- sys.calls()
    deparsed <- lapply(calls, deparse)
    deparsed <- deparsed[-length(deparsed)+0:1] # leave off last 2
    lastjunk <- max(grep("withCallingHandlers", deparsed))
    deparsed <- deparsed[-seq_len(lastjunk)]
    savedTraceback <<- deparsed
  }
  function(expr)
    withCallingHandlers(expr, error = saver)
})

traceback <- function() {
  base::traceback(environment(saveTraceback)$savedTraceback)
}

你会这样使用它。先显示代码而不执行：

<<mycode,eval=FALSE>>=
f <- function() stop("this is an error")
g <- function() f()
g()
@

然后在saveTraceback()函数中执行而不显示：

<<echo=FALSE>>=
saveTraceback({
<<mycode>>
})
@

最后调用traceback()，它会显示类似于用户会在控制台中看到。

【讨论】：