是否可以使用 engine="bash" 在 knitr 块之间共享变量？答案

【问题标题】：Is it possible to share variables between knitr chunks using engine="bash"?是否可以使用 engine="bash" 在 knitr 块之间共享变量？
【发布时间】：2012-11-10 23:49:22
【问题描述】：

类似这样的东西，但它不起作用：

```{r examples, engine="bash"}
    export EXAMPLES="example/path"
```

```{r example1, engine="bash"}
    echo $EXAMPLES
```

但是，这可行：

```{r examples2, engine="bash"}
    export EXAMPLES="example/path"
    echo $EXAMPLES
```

【问题讨论】：

您想提交错误报告：github.com/yihui/knitr/issues
仅供参考，现在可以使用 runr 包：github.com/yihui/runr 但在将其集成到 knitr 之前我仍然需要对其进行润色（例如 rpubs.com/yihui/bash-knitr）

标签： knitr

【解决方案1】：

这是一个很好的问题！这也是我真正想要完成但不知道该怎么做的事情（如果有人可以帮助我，我很感激）。它不仅对bash 有用，而且对knitr 中的所有其他引擎也有用，例如python、ruby 等。暂时不起作用的原因是knitr只是通过system('engine -arg code')运行代码，即对于每个代码块，都会打开一个新的引擎会话，因此所有块本质上都是在不同的进程中执行的。

理想情况下，我想要一个能够打开会话并继续收听新代码的引擎，但我不确定这是否可能。 AFAIK，共享变量的唯一方法是将它们写入文件，这显然很尴尬。

【讨论】：

@nachocab R 代码的处理方式非常不同：所有 R 代码块共享同一个 R 会话，因此变量可以跨块共享
作为替代方案，是否可以使用 R 代码填充 bash 变量？这样我就可以使用我想要使用的所有变量设置一个初始 R 块，并从 engine="bash" 块中调用它们。
@nachocab 是的，Sys.setenv() 是你的朋友：github.com/yihui/knitr-examples/blob/master/… (source)
是否可以这样做：source ~/.bashrc?
@nachocab 是的，你可以把它写在一个 bash 块中，但我认为当 bash 启动时，~/.bashrc 应该是自动获取的。