从 bash 脚本渲染 Rmarkdown 时，绘图未显示在 pdf 中答案

【问题标题】：Plots not displayed in pdf when rendering Rmarkdown from bash script从 bash 脚本渲染 Rmarkdown 时，绘图未显示在 pdf 中
【发布时间】：2018-02-24 16:45:42
【问题描述】：

我需要将我的 R-markdown 文件从 bash 脚本编译为 pdf。我正在使用 Rstudio 1.1.383，并且我正在使用以下脚本-

Rscript -e "library(knitr); knit('myfile.Rmd')" 
Rscript -e "library(rmarkdown) render('myfile.md')"

这会生成pdf，但ggplots 和rpart 绘图在图形文件夹中创建为单独的.png 文件。如果我在 Rstudio 中使用 knitr 按钮，则绘图将完美地编译为 pdf。所以我猜我的脚本没有正确模仿 knitr 按钮。这是 ggplot 的代码块之一

{r,fig.cap="Box plots for standardized data" }

melted = melt(Scaled_df)
ggplot(data = melted) +  geom_boxplot(aes(x=Species,y=value, fill = Species)) +   facet_wrap(~variable) +
  theme(axis.ticks = element_blank(), axis.text.x = element_blank())

但我想那一定没问题，因为在 Rstudio 中使用 knitr 按钮编译的 pdf 是完美的。有人知道我的 bash 脚本有什么问题吗？

【问题讨论】：

标签： r bash pdf ggplot2 r-markdown

【解决方案1】：

documentation 解释：：

如果您不使用 RStudio，则只需调用 'rmarkdown::render 函数，例如：

rmarkdown::render("input.Rmd")

请注意，在 RStudio 中使用“Knit”按钮的情况下，基本机制是相同的（RStudio 在后台调用 rmarkdown::render 函数）。

所以在你的情况下，你不应该编织中间降价文件。

【讨论】：

是的，就是这样 - 完美地复制了 knitr 按钮。非常感谢