【发布时间】:2014-10-21 06:50:19
【问题描述】:
我想在 R markdown 文档的末尾包含有关 mtcars 数据集的帮助页面。
在我的文件中,我包含以下内容:
```{r}
?mtcars
```
当我编译 markdown(输出为 PDF - knitr)时,在处理此指令时,帮助页面出现在我的浏览器中,但生成的 pdf 缺少此部分。
有没有其他方法可以实现这一点,然后从一个地方复制到另一个地方?
谢谢。
【问题讨论】:
标签: r r-markdown
我想在 R markdown 文档的末尾包含有关 mtcars 数据集的帮助页面。
在我的文件中,我包含以下内容:
```{r}
?mtcars
```
当我编译 markdown(输出为 PDF - knitr)时,在处理此指令时,帮助页面出现在我的浏览器中,但生成的 pdf 缺少此部分。
有没有其他方法可以实现这一点,然后从一个地方复制到另一个地方?
谢谢。
【问题讨论】:
标签: r r-markdown
我们可以改编谢一辉的static_help function来获取给定帮助文件的html源代码
static_help <- function(pkg, topic, out, links = tools::findHTMLlinks()) {
pkgRdDB = tools:::fetchRdDB(file.path(find.package(pkg), 'help', pkg))
force(links)
tools::Rd2HTML(pkgRdDB[[topic]], out, package = pkg,
Links = links, no_links = is.null(links))
}
如果我们将源代码写入一个临时文件,我们可以将其读回并去掉页眉和页脚,为您提供帮助文件的正文以包含在您的降价文档中
```{r, echo = FALSE, results = "asis"}
static_help <- function(pkg, topic, out, links = tools::findHTMLlinks()) {
pkgRdDB = tools:::fetchRdDB(file.path(find.package(pkg), 'help', pkg))
force(links)
tools::Rd2HTML(pkgRdDB[[topic]], out, package = pkg,
Links = links, no_links = is.null(links))
}
tmp <- tempfile()
static_help("datasets", "mtcars", tmp)
out <- readLines(tmp)
headfoot <- grep("body", out)
cat(out[(headfoot[1] + 1):(headfoot[2] - 1)], sep = "\n")
```
编辑
上述解决方案产生了 HTML 输出,而问题实际上要求输出 PDF。我们可以改用上面的方法来返回乳胶输出;这次唯一需要的后期编辑是将%切换为\n
```{r, echo = FALSE, results = "asis"}
static_help <- function(pkg, topic, out, links = tools::findHTMLlinks()) {
pkgRdDB = tools:::fetchRdDB(file.path(find.package(pkg), 'help', pkg))
force(links)
tools::Rd2latex(pkgRdDB[[topic]], out, package = pkg,
Links = links, no_links = is.null(links))
}
tmp <- tempfile()
static_help("datasets", "mtcars", tmp)
out <- readLines(tmp)
out <- gsub("%", "\n", out, fixed = TRUE)
cat(out, sep = "\n")
```
但是.Rd 文件依赖于Rd.sty。让 LaTeX 找到 Rd.sty 的最简单方法是将副本放在与 .Rmd 文件相同的目录中。然后你需要定义一个自定义模板来替换default pandoc LaTeX template。同样,最简单的解决方案是将默认模板的副本放在与 .Rmd 文件相同的目录中,然后通过将 \documentclass 命令和 \begin{document} 命令(第 2 - 145 行)之间的所有内容替换为命令
\usepackage{Rd}
最后修改 .Rmd 文件的元数据以使用新模板
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output:
pdf_document:
template: template.tex
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【讨论】: